Принцип верификации оказался неприменимым и к самой науке. С точки зрения этого принципа не имеют, например, научного смысла утверждения о существовании потенциальной энергии или о физических свойствах сверхзвезд, поскольку большая гравитация внутри них не позволяет им излучать электромагнитные волны или какие-либо другие сигналы. Между тем эти утверждения имеют научный смысл в современной физике и космологии. Более того, поскольку каждое предложение о факте, спустя мгновенно после его совершения, автоматически превращается в предложение о прошлом факте, то практически вся наука оказывается под сомнением, поскольку предложения о фактах прошлого не поддаются верификации.

Для выхода из создавшихся трудностей предлагались различные варианты. Наиболее интересное «лекарство» от субъективности предложил Р. Карнап. По его мнению, базисом науки должны быть не ощущения и не предложения об ощущениях в момент их фиксации, но уже зафиксированное и как бы «омертвленное» предложение. Такие предложения Карнап назвал «протокольными предложениями». Форма протокольных предложений такова: «такой-то человек там-то видел то-то». Карнап полагал, что ссылка на разных лиц в самих протоколах спасает от субъективизма и не препятствует обмену протоколами между людьми. Однако и здесь, если придерживаться строго правил верификации, обмен между учеными принципиально невозможен. Протокол: «Он говорит: «Это дерево зеленое» означает для ученого «Я» не сообщение о свойствах дерева, но лишь констатацию действия третьего лица, произносящего звуки Э – Т – 0 … Считать же, что эти звуки означают биологический факт, строго логических оснований нет.

Таким образом, верификация, задуманная в качестве защиты научных положений от «метафизического тумана», в действительности поставила под сомнение само существование научных теорий. Принцип верификации, по верному замечанию К. Поппера, вместе «с метафизикой уничтожает также и естествознание, законы которого логически не сводимы к элементарным опытным высказываниям». В конце концов, оказалось, что сам принцип верификации не верифицируем. Он явно не тавтология, но он и не опытное предложение. Следовательно, он – «метафизика», научно неосмысленное предложение, подлежащее устранению из научного языка и «научной философии», каковою объявил себе логический позитивизм.

Наряду с принципом верификации важное место в логическом позитивизме занимает конвенционализм, т.е. методологический принцип, согласно которому многие утверждения науки являются результатом соглашения между учеными. В философском отношении конвенционализм формировался как способ преодоления материалистических и идеалистических крайностей в решении основного вопроса философии. В конвенционализме нашел отражение тот факт, что научные теории не являются непосредственными обобщениями опытных данных, и в этом смысле конвенциональные элементы неустранимы из научного знания. Но это совсем не означает, что снимается вопрос об их истинности и каждый ученый волен строить свою логическую систему произвольным образом.

Ввиду трудностей применения принципа верификации и в стремлении избежать солипсизма Р. Карнап, О. Нейрат, Ф. Франк и другие неопозитивисты большое внимание уделили принципу физикализма. В физикализме получила выражение идея объединения («унификации») всех наук на основе универсального языка, в роли которого выступал язык математической физики, а также стремление превратить язык в главный объект философских исследований. Так Нейрат в своих работах настойчиво проводил мысль о том, что главной задачей логического позитивизма является «энциклопедическая интеграция» научного знания, связывая эту задачу с идеей Лейбница о создании искусственного языка, с помощью которого можно было бы строить все рассуждения по способу, каким выполняются вычислительные операции.