Наибольшую тревогу у экспертов вызывали положения статьи, устанавливающей основания ограничения прав и свобод граждан и других лиц, что, по мнению экспертов, может открыть путь к произвольному использованию властных полномочий со стороны законодательной и исполнительной власти. Так, профессор Кедзя полагал, что указанные выше конституционные положения „не соответствуют международным и европейским стандартам, четко определяющим, какие права и свободы могут быть ограничены и по каким причинам“. С этим утверждением трудно согласиться, так как в указанной статье Конституции как раз и закреплена общеизвестная формула относительно возможности ограничения прав и свобод человека и гражданина, взятая из международно-правовых документов. Конкретный перечень прав и причин, по которым они могут быть ограничены, в Конституции не обязателен, так как Конституция признает приоритет действия общепризнанных принципов и норм международного права и международных договоров Российской Федерации.

Рассматривая содержание главы 3 „Федеративное устройство“, эксперты отмечали, что „стандартной формы федеративного устройства не существует“ и что „федерация, которая не видоизменяется, может не соответствовать потребностям людей и развалиться“. Они пришли к выводу, что Россия избрала модель централизованной федерации, это объясняется особенностями современного этапа развития России.

Критические замечания Венецианской комиссии в основном связаны с распределением полномочий между федеральной властью и субъектами Российской Федерации. По мнению экспертов, полномочия, находящиеся исключительно в ведении Федерации, чрезвычайно широки, перечень совместных полномочий также является „длинным, даже очень длинным“, имеет место дублирование исключительных полномочий Федерации и полномочий, относящихся к совместному ведению Федерации и субъектов Федерации, а исключительные полномочия субъектов Федерации вообще не определены. Вместе с тем, считают эксперты, такой подход в конечном итоге вполне приемлем и применяется в ряде федеративных государств. Идеальным же, по их мнению, было бы определение всех видов полномочий с одновременным указанием главенствующей роли федеральных органов власти либо органов власти субъектов Российской Федерации в осуществлении круга совместных полномочий.

Эксперты обращали внимание на слишком большое число субъектов, входящих в Федерацию, отмечали, что, несмотря на провозглашение равноправия субъектов Федерации, существует различие в конституционном статусе республик и других субъектов Федерации, при этом на территории одних субъектов Федерации располагаются другие субъекты, что „может породить весьма сложные проблемы с точки зрения разграничения полномочий“. Поэтому, по мнению экспертов, необходимо совершенствовать распределение предметов ведения и полномочий между Федерацией и ее субъектами, в том числе с использованием сильной и независимой судебной власти и путем внесения поправок и дополнений в Конституцию Российской Федерации.

Принцип участия субъектов Федерации в принятии решений на федеральном уровне нашел отражение в российской Конституции в существовании типично федеральной палаты – Совета Федерации. Рассматривая полномочия Совета Федерации, эксперты отмечали, что он обладает большими возможностями для отклонения законопроектов, что может при формировании Совета Федерации на строго „эгалитарной основе“ на практике превратить его в препятствие к нормальному функционированию государства. Эксперты ставили также вопрос о возможности роспуска не только Государственной Думы, но и Совета Федерации.