В апреле 1921 года Дзержинский совмещает должности председателя ВЧК и наркома путей сообщения. Первую поездку в этой должности он предпринял в Харьков для восстановления железнодорожного транспорта. Пребывание председателя ВЧК на Украине явилось важным фактором укрепления сотрудничества органов безопасности двух республик, их перестройки в связи с переходом к мирному строительству. 27 мая вместе с украинскими чекистами он обсудил задачи усиления борьбы с бандитизмом, хищениями на железнодорожном транспорте.

Дзержинский проявлял заботу не только о центральных органах ВУЧК, но доходил до территориальных, низовых чекистских подразделений. С тревогой он отмечал, что сотрудники ЧК Донецкой губернии одеты «в рубища», крайне изнурены. В письме к В. Балицкому он обратил внимание на тяжелые материальные условия работы украинских ЧК, у которых не хватает «ни средств передвижения, ни канцпринадлеж-ностей, ни мебели».

В мае 1920 года Дзержинский направил своему заместителю И. Ксенофонтову письмо, в котором изложил положение органов госбезопасности на Украине, дал оценку трудам украинских чекистов и высказал свои пожелания для повышения эффективности работы. В связи с наступлением поляков вся Украина превратилась в кипящий котел, вспышки восстаний стали повсеместными. «Органам ЧК приходится в общем работать здесь, как в чужой стране. Местные заскорузлые коммунисты стараются выжить приезжих, наблюдают за каждым их шагом», – отмечал Дзержинский. Он считал, что общим недостатком власти было отсутствие исполнительных аппаратов, тогда как планов и проектов было бесконечное количество, рабочие фабрик голодали при изобилии всего на вольном, «спекулятивном рынке». Поэтому надо «преодолевать изо дня в день расхлябанность и прожектерство, а не давать только хорошие советы, указания, распоряжения. Украину нужно и можно завоевать только ударным повседневным трудом работников из центра, приезжающих сюда не на короткий срок». Дзержинский отметил большую работу Манцева, который направил часть сил на места, но все же главной задачей оставалось укрепление центрального управления, «иначе нельзя руководить ни организационными, ни боевыми действиями местных ЧК», а также обеспечивать единство в руководстве борьбой всех местных ЧК. Для этого необходим работоспособный состав, которого до сих пор не было. Предлагались следующие меры: создание секретно-оперативного отдела, постановка разведки в деревне, без чего «военный разгон банд является вредной операцией, ибо бандиты разгоняются и все приставшее к ним население восстанавливается против нас».

28 мая 1920 года Дзержинский писал: «Украина сейчас – это наша база, нельзя ее потерять, она должна стать «чисто советской».

25 июня 1920 года телеграммой из Харькова он потребовал от ЦК не менее ста ответственных работников из России для уездных органов Украины, потому что «вся контрреволюция здесь в деревне… Иначе контрреволюция затянется бесконечно». Он также обратил внимание на то, чтобы не присылали «негодных сотрудников на Украину», ибо это тормозит всякую работу, а «негодный элемент Великороссии на Украине… только развращается и гибнет здесь». 26 июня Дзержинский писал Ленину из Харькова: «…положение здесь внутреннее в общем идет в гору. Можно с уверенностью сказать, что если из центра будут безустанно нажимать и посылать работников, то и Украина станет скоро честной, советской. В деревне устали от банд и тоскуют за твердой властью. В области моей специальности здесь обильный урожай. Громадная помеха в борьбе – отсутствие чекистов-украинцев…»