С точки зрения выработки методов работы ВЧК – ВУЧК в качестве примера можно привести замечание Дзержинского, который в 1921 году указывал на недопустимость арестов квалифицированных специалистов в важнейших отраслях промышленности страны, обвиняя их в контрреволюционных деяниях во время пребывания в Белой армии, чем парализуется производственная созидательная работа. Предлагалось прекратить аресты специалистов по обвинению в «старых делах», немедленно освободить арестованных по этим мотивам.

По просьбе украинского правительства из России в Харьков, Полтаву, Екатеринослав, Донбасс, Одессу были направлены группы чекистов. Это были в основном украинские коммунисты, работавшие в аппарате Советской России. Эти, пусть и небольшие, проявления взаимоподдержки с первых лет советской власти составляют одну из самых замечательных страниц истории органов безопасности двух государств.

В конце 1919 года на Украину выехал заместитель председателя Московской ЧК Манцев, назначенный начальником управления чрезвычайных комиссий Украинской ССР. Одновременно он исполнял обязанность начальника тыла Южного фронта.

К этому периоду в основе своей сложился и сформировался аппарат ВУЧК, а в начале 1920 года появились специальные чекистские вооруженные формирования. Но некоторые коммунисты считали преждевременной мерой создание украинских ЧК, главным образом из-за отсутствия необходимого количества подготовленных сотрудников. 4 июня 1919 года Ленин писал председателю ВУЧК Лацису: «…Каменев говорит и заявляет, что несколько виднейших чекистов подтверждают, что на Украине ЧК принесли тьму зла, будучи созданы слишком рано и впустив в себя массу примазавшихся. Надо построже проверить состав, надеюсь, Дзержинский отсюда Вам в этом поможет. Надо подтянуть во что бы то ни стало чекистов и выгнать примазавшихся». В ответном письме Лацис сообщал о неоднородном составе ВУЧК, значительном количестве примазавшихся лиц, в частности ранее изгнанных из ЧК в Москве, малоспособных и малонадежных. «Сейчас мы, – писал М. Лацис, – порешили принимать только коммунистов (большевиков)… Я пошел на очень большие уступки, чтобы улучшить состав чрезвычайных комиссий и избавиться от постоянных нареканий и погромов: упразднил уездчека и выбросил мелкую спекуляцию».

В конце 1919 года обстановка на Украине резко обострилась, значительная часть республики была захвачена белогвардейскими войсками Деникина и петлюровцами. Вооруженные объединения Деникина, Врангеля, разветвленные подпольные белогвардейские организации, украинские буржуазно-националистические центры пользовались поддержкой империалистических государств, сотрудничали с иностранными разведками, получали от них финансовую и военную помощь. Активные наступательные действия деникинцев привели к тому, что советская власть еще не везде упрочилась, ухудшилось экономическое и военное положение Украины, прокатилась волна мятежей. Если в апреле 1919 года было 93 мятежа, то в первой половине июня того же года – уже 207.

В это тяжелое время российская ВЧК на основе существующего с украинским государством договора о военно-политическом союзе предложила передать ей функции ВУЧК. Совнарком Украины не согласился с этим предложением и вместе с сохранившейся частью сотрудников ЧК временно эвакуировался в РСФСР. Аппарат ВУЧК резко уменьшился. Многие чекисты были направлены в Красную армию, продолжили работу в разветвленной сети подпольных организаций на временно оккупированной противниками территории.

Объединенными усилиями трудящихся советских республик России и Украины в конце 1919 года была одержана окончательная победа над агрессорами и интервентами, и на Украине пришлось, по существу, заново создавать советский государственный аппарат и органы безопасности. Ленин обратился с письмом к рабочим и крестьянам Украины, в котором отмечал необходимость дальнейшего укрепления дружбы и братства народов, единения трудящихся России и Украины: «Мы хотим добровольного союза наций – такого союза, который не допускал бы никакого насилия одной нации над другой. Если такой союз не будет установлен и сохранен, тогда и Советскую Украину и Советскую Россию смогут задавить и задушить капиталисты».