Поскольку сегодня чаще всего под механизмом управления в научных кругах понимается механизм ОЭЗ в Калининградской области, чтобы провести анализ систем управления экономикой Калининградской области мы обязаны проанализировать теоретические разработки, касающиеся ОЭЗ в мире и результаты их использования для развития Калининградского региона.
Создание СЭЗ в России началось в конце 80-х гг. после принятия Постановления Совета Министров СССР от 12 декабря 1988 г. В начале 90-х гг. нормативными актами Верховного Совета РСФСР и правительства Российской Федерации формально было создано уже 10 свободных экономических зон. В этом же 1990 г. была создана Международная ассоциация развития свободных экономических зон (МАРСЭЗ). Она дала определение СЭЗ в России, как «особые территориально-хозяйственные образования, как правило, открытые для финансово-хозяйственной деятельности любой страны, благоприятствующие экономическому, научно-техническому, экологическому, социальному развитию России, специально создаваемые путем дополнительного делегирования им федеральными и муниципальными органами России прав и полномочий, с жестко закрепленными и соблюдаемыми границами, с собственным зональным законодательством, бюджетом, налоговой системой, органами управления».
К неблагоприятным моментам, оказывающим отрицательное воздействие на иностранных инвесторов российских СЭЗ, можно отнести крайне слабое развитие их инфраструктуры. Сюда прежде всего относится транспорт, системы телекоммуникаций, связь, гостиничный сервис, сложная криминогенная обстановка в России, экономическая и политическая нестабильность, отсутствие четкого и устойчивого федерального законодательства, противоречия между схемами участия федерального и регионального бюджета.
Калининградская область является субъектом РФ и входит в состав Российской Федерации. Основу правовой системы Калининградской области составляют Конституция РФ, федеральные конституционные законы, федеральные законы, Устав и законы Калининградской области.
В совместном ведении Российской Федерации и Калининградской области находятся вопросы: обеспечение соответствия Устава, законов и иных нормативных правовых актов Калининградской области, Конституции РФ и федеральным законам; установление общих принципов налогообложения и сборов в РФ; защита прав и свобод человека и гражданина; разграничение государственной собственности и др. В ведении Калининградской области находятся вопросы: установление системы органов законодательной и исполнительной власти области, определение порядка формирования, организации и деятельности этих органов, исходя из общих принципов, закрепленных Конституцией РФ и федеральными законами; определение областной политики и областных программ в области государственного, экономического, социального, культурного и национального развития области и др. К ведению Калининградской области относятся иные вопросы, не отнесенные Конституцией РФ к ведению Российской Федерации или совместному ведению.
Местное самоуправление в Калининградской области осуществляется гражданами через представительные, исполнительные и иные органы местного самоуправления, а также путем прямого волеизъявления граждан, выраженного в формах, не противоречащих федеральным и областным законам.
Один из первых механизмов управления Особой экономической зоной в Калининградской области представлен структурой управления, где власть по управлению экономикой региона была передана одному из вице-губернаторов, на которого были замкнуты все структурные подразделения, имеющие отношение к экономике региона. Аппарат советников главы администрации был в подчинении губернатора и не мог влиять на разработку и принятие управленческих решений. Функции администрации Особой экономической зоны были взяты под формальное руководство губернатора, исключив из процесса принятия решений федеральные структуры. Именно такая структура администрации ОЭЗ послужила поводом для пересмотра отношений с органами федеральной власти в Калининградской регионе, после чего управление экономикой региона было передано органам федеральной власти и губернатору, назначаемым Президентом РФ.