Придание суверенитета Республикам Советского Союза сломало наработанные экономические связи между ними, изменило качество и количество ввозимой, изготовляемой и потребляемой продукции, изменило структуру межбюджетных отношений.

Изменения произошли и в самом механизме управления экономикой. Власть формально была передана гражданам России, которые должны были выбрать свой тип правления. Однако этого не произошло, потому что в формальном отношении серьезных изменений не было.

Как справедливо отмечает Ю. М. Осипов, «власть каждого хозяйствующего субъекта не шла дальше власти, да и то лишь частичной – всегда есть хотя бы обратное ограничительное воздействие, над своими собственными хозяйственными факторами и параметрами: мы не предполагали возможности властных хозяйственных отношений и не исходили из власти одних субъектов над другими, из власти над общественными хозяйственными партнерами, над отраслями и регионами, над общественными хозяйственными процессами. Мы не рассматривали сознательное волевое организационное воздействие, которое может оказывать хозяйствующий субъект на другого и на всю среду своего функционирования вне свободного и взаиморавнозначного товарообмена, в дополнение к нему. Мы исходили из свободной и равновозможной конкуренции, из свободного и неуправляемого субъективной волей рынка». Иначе говоря, мы исходили «…из аксиоматического тезиса о том, что ни один агент не имел возможности влиять на других агентов, на общественные хозяйственные параметры (предложение, спрос, цены) и на всю хозяйственную систему иначе, как через воздействие на свои частно-хозяйственные параметры [126, с. 367] (предложение, спрос, цены) в ходе свободного и взаимного равнозначного обменно-оценочного процесса» [126, с. 366].

Особый интерес вызывает именно советский период становления механизма управления развитием региона. Условно его можно разделить на три этапа: дореформенный период, период трансформации экономики и выделения Калининградской области в регион с особым статусом.

В дореформенный период (до 1991 г.) уровень развития области был не очень высок, а народное хозяйство, представленное узкоспециализированными и мало связанными друг с другом отраслями, не составляло единого комплекса. Несмотря на очевидные выгоды экономико-географического положения Калининградской области (незамерзающий выход к морю, соседство с развитыми регионами страны и со странами СЭВ), благоприятные природные предпосылки, развитую инфраструктуру и высокую плотность населения, регион и до начала 1990-х годов имел лишь средний для Российской Федерации уровень социально-экономического развития.

На этапе структурной трансформации экономики (1992—1998 гг.) спад производства в промышленности и сельском хозяйстве региона, на транспорте и в строительстве оказался более глубоким, чем в среднем по стране. Дополнительным фактором стало то, что после распада Советского Союза прежняя отраслевая структура экономики области вследствие ее пространственной отдаленности от основной территории страны и ресурсной базы перестала работать.

В 1996 г. был принят Федеральный закон «Об Особой экономической зоне в Калининградской области», а до этого, с 1991 г., в области действовало принятое Правительством РФ «Положение о свободной экономической зоне „Янтарь“». Смысл создания СЭЗ состоял в формировании в области специального компенсационного механизма свободной таможенной зоны для стимулирования развития экспортных и импортозамещающих производств. Однако введенный в регионе режим ОЭЗ был нестабилен, входил в противоречие с федеральными законами, в связи с чем, ожидавшегося притока иностранных инвестиций в область не произошло. Более того, на начальных этапах введения режима ОЭЗ вследствие резкого снижения таможенных пошлин местное производство из-за конкуренции импорта сокращалось, а затем вовсе остановилось, оставив только ресурсодобывающие компании.