Обязанностью следователя является раскрытие преступления, установление и изобличение лиц, его совершивших, а также выявление обстоятельств, способствовавших совершению преступления. Следователь наделяется широкими правами и обязанностями. Решения о направлении следствия и производстве следственных действий он принимает самостоятельно и несет полную ответственность за их законное и своевременное проведение. Подчеркивая самостоятельность следователя, действующий уголовно-процессуальный закон ограничил ее случаями, когда в соответствии с УПК требуется получение судебного решения или согласие руководителя следственного органа. В частности, необходимо получить решение суда, когда планируется проведение действий, направленных на ограничение конституционных прав граждан, связанных с ограничением:

а) личной неприкосновенности (п. 1 – 3, 6 ч. 2 ст. 29 УПК);

б) неприкосновенности частной жизни (п. 8, 11 ч. 2 ст. 29);

в) неприкосновенности жилища (п. 4, 5 ч. 2 ст. 29); г) имущественных прав (п. 51, 7, 9 ч. 2 ст. 29); д) временным отстранением обвиняемого от должности в соответствии со ст. 114 Конституции (п. 10 ч. 2 ст. 29 УПК).

Сообразно действующему закону указания руководителя следственного органа по уголовному делу даются в письменном виде и обязательны для исполнения следователем (ч. 3 ст. 39 УПК). Вместе с тем законом предусмотрено право следователя на их обжалование руководителю вышестоящего следственного органа. Как общее правило, обжалование не приостанавливает их исполнения. Однако общее правило не лишено исключений. Поэтому УПК перечисляет случаи, когда подача следователем жалобы автоматически вызывает приостановление действия полученного от руководителя следственного органа указания. В этот перечень входят указания: 1) об изъятии уголовного дела и передаче его другому следователю; 2) о привлечении лица в качестве обвиняемого; 3) квалификации преступления; 4) об объеме обвинения; 5) избрании меры пресечения; 6) о производстве следственных действий, которые допускаются только по судебному решению; 7) направлении дела в суд; 8) прекращении дела. При несогласии с указаниями руководителя следственного органа следователь не только вправе обжаловать их, но и представить вышестоящему руководителю следственного органа материалы уголовного дела и письменные возражения на указания руководителя следственного органа (ч. 3 ст. 39 УПК).

Своеобразно в настоящее время решен вопрос о регулировании правоотношений между следователем и прокурором в случае принятия последним при рассмотрении уголовного дела, поступившего от следователя с обвинительным заключением, решения о возвращении дела следователю для производства дополнительного следствия (п. 2 ч. 1 ст. 221 УПК). При несогласии с таким решением следователь с согласия руководителя следственного органа вправе обжаловать его вышестоящему прокурору а далее аналогичным образом – Генеральному прокурору РФ с согласия председателя Судебного комитета при прокуратуре РФ либо иного руководителя следственного органа соответствующего уровня.

Существенны полномочия следователя по даче поручений органу дознания в связи с расследованием уголовного дела. Во-первых, в п. 4 ч. 2 ст. 38 УПК подчеркнута обязанность исполнения органами дознания полученных от следователя поручений. Во-вторых, имеющим юридическую силу является только поручение, данное в письменной форме. В-третьих, УПК подтверждает положение о праве следователя дать поручение органу дознания о проведении оперативно-розыскных мероприятий, производстве отдельных следственных действий, об исполнении постановлений о задержании, приводе, об аресте, о производстве иных процессуальных действий, а также получать содействие при их осуществлении. Однако следователь не вправе возлагать на органы дознания производство действий, которые, согласно закону, он должен проводить сам (привлечение лица в качестве обвиняемого, его допрос, назначение экспертизы и т.д.).