Однако Пенн недолго предавался радостям светской жизни. В 1663 г. он вновь стал студентом: поступил в Протестантскую академию в Сомюре. Эта Академия была основана гугенотами в 1591 г. и сохраняла статус главного образовательного центра французских кальвинистов вплоть до отмены Нантского эдикта в 1685 г.

Любопытно, что Пенн стал студентом гугенотского учебного заведения не просто с ведома Пенна-старшего, а скорее всего, именно по его инициативе107. Сведения о парижских приключениях сына убедили отца, что от чёрной меланхолии сын избавился. Можно было думать о продолжении образования. Но если Оксфорд был для него закрыт из-за его пуританских настроений, почему бы не отправить его на обучение к единоверцам пуритан – гугенотам?

Руководил занятиями Пенна французский богослов Моиз Амиро (Amyraut, Moise или Moses108, 1596–1664). Пенн даже поселился в его доме, откуда вынужден был съехать после смерти Амиро в начале 1664 г. Неполных два года Пенн провёл в Анжу, на берегах Луары, читая классиков, изучая богословие и творения Отцов Церкви, основательно приобщаясь к французскому языку, поэзии, истории. Отцов ранней Церкви гугеноты использовали главным образом чтобы доказать, будто инициированная гугенотами церковная реформация возвращает церковь в состояние, в каком она была в славные древние времена. Впоследствии Пенн утверждал то же относительно квакерства и подкреплял свои заявления цитатами из Юстина Мученика, Иеронима, Оригена, Климента Александрийского, Иоанна Златоуста, Блаженного Августина. С этими авторами он познакомился в основном в Сомюре, однако для своих целей использовал не те святоотеческие тексты, на какие обычно ссылались гугеноты. Вероятно, тогда же он познакомился и с сочинениями наиболее видных деятелей Реформации. Среди цитированных им впоследствии авторов из этой категории – Джон Уиклиф, Уильям Тиндейл, Мартин Лютер, Ульрих Цвингли, Жан Кальвин, Теодор де Беза109.

Летом 1664 г. Пенн отправился в путешествие по Швейцарии и Италии в компании Роберта Спенсера. Именно тогда состоялось знакомство Пенна с дядей Роберта – Олджерноном Сиднеем, находившимся тогда в изгнании110.

Однако уже в конце лета 1664 г. Пенн-старший письмом вызвал сына домой. Причиной была начавшаяся война с Голландией. Карл II назначил своего брата герцога Йоркского лордом-адмиралом. Лорд-адмирал разделил свой флот на три эскадры: начальником 1-й стал принц Руперт, 2-й – лорд Сандвич, 3-й – сам герцог Йоркский. Но все эти начальники были люди сухопутные, а с голландской стороны им противостояли бывалый моряк де Рёйтер (De Ruyter) и хотя не имевший большого морского опыта, но способнейший де Витт (De Witt). Пенн-старший посоветовал герцогу пригласить на службу военных моряков, служивших республике и Кромвелю: «Не обращайте внимания на их религию, и я отвечаю за их храбрость». Герцог последовал совету и некоторых старых республиканцев даже назначил капитанами. Уильям Пенн стал «великим капитаном флота»: ему полагалось находиться на адмиральском корабле герцога для общего руководства флотом.

Франция тогда явно склонялась к союзу с Голландией, поэтому старшего сына английского адмирала вполне могли арестовать там и держать в заключении как заложника. Адмирал Пенн, вызвав сына из Франции, хотел поручить ему управление семейным имуществом близ Корка.

Письмо отца Уильям Пенн получил где-то в Италии и безропотно подчинился. Через Савойю и далее морским путём он поспешно проследовал в Лондон, куда прибыл примерно в середине августа 1664 г.

Пенн-старший позаботился о том, чтобы сын его с пуританами больше не связывался. Жизнь Пенна-младшего в Лондоне была полна визитов, балов и званых обедов. Наблюдавший его тогда Сэмюэл Пипс отметил даже (30 августа 1664 г.) «суетность его французского гардероба, несколько аффектированную манеру речи и походки».