В 1940 г. на стеклографе были отпечатаны четвертая и пятая часть курса Устюгова, посвященные геральдике и нумизматике. Весной 1941 г. Устюгов заключил договор с издательством на публикацию своих лекций типографским способом. Готовя типографское издание своего курса, он планировал существенно переработать его разделы, посвященные хронологии, метрологии и сфрагистике. Он собирался внести в него материал по армянской и грузинской хронологии, для чего изучил ряд трудов на французском языке, так как исследования по данной тематике на русском почти отсутствовали. В разделе метрологии он хотел более ярко обозначить основные направления метрологической политики XVI–XVII вв. Кроме этого, он собирался дополнить раздел сфрагистики неопубликованными материалами о рецептах составления печатей-матриц и месячных таможенных печатях[191]. Однако работу над этим изданием прервала начавшаяся вскоре Великая Отечественная война.

Следует отметить, что первые годы работы Устюгова в Историко-архивном институте были временем проведения активной репрессивной политики Советского государства, направленной против всех потенциальных противников действующего режима. В 1939 г. был отстранен от должности и исключен из партии директор Историко-архивного института К. С. Гулевич, обвиненный в причастности к «рабочей оппозиции» в начале 1920-х гг. В 1940 г. начальник отдела кадров Главного архивного управления НКВД СССР К. И. Удалец в докладной записке о выполнении плана за первый квартал года, направленной заместителю наркома внутренних дел С. Н. Круглову, писал, что Устюгов находился в разработке 2-го отдела ГУГБ НКВД, занимавшегося выявлением контрреволюционных элементов. При этом дополнительным компрометирующим обстоятельством для него служило то, что брат его жены, Александры Николаевны Устюговой, был осужден в 1932 г. на десять лет за антисоветскую агитацию[192]. Тем не менее Устюгову удалось избежать ареста, и он смог продолжить преподавательскую и научную работу.

Семь предвоенных лет (1934–1941) стали для Устюгова временем кардинальной смены тематики научных исследований. После начала профессиональных занятий исторической наукой в центре его интересов находилась не история русского крестьянства XIX в., а история Русского Севера и Прикамья в XVII в. Тогда же Устюгов приступил к изучению истории народов СССР и вспомогательных исторических дисциплин, ставших в дальнейшем, наряду с историей Русского Севера в XVII в., основными темами его исследований. Однако в эти годы ни одна из его работ по данным темам не была доведена до печати. С одной стороны, это было связано с идеологическими причинами, влиявшими на творчество всех советских историков в данный период и проявлявшимися в преимущественном печатании идеологически важных работ и затягивании сроков публикации научных трудов из-за изменений партийной линии. С другой – это было связано с тем, что Устюгов, как и многие советские ученые, был вынужден прервать научную работу в годы Великой Отечественной войны.

Начало активных занятий Устюгова историей коренных народов СССР произошло в середине 1930-х гг., когда многие историки были вынуждены сменить направление своих исследований и обратиться к данной тематике, подвергавшейся в то время идеологической переоценке. До этого времени в отношении нее господствовали взгляды, сложившиеся в большевистской среде еще в дореволюционный период и продиктованные необходимостью ликвидации Российской империи. Согласно им нерусские народы провозглашались жертвами колониальной эксплуатации, национальные движения получали однозначно положительную оценку, а присоединение данных народов к России считалось «абсолютным злом». При этом русский народ, наоборот, провозглашался угнетателем и эксплуататором, и его активное изучение объявлялось идеологически вредным.