Одновременно с завершением работы над кандидатской диссертацией и началом изучения прошлого народов СССР Устюгов приступил к работе в высшей школе. В августе 1938 г. он был приглашен для чтения курса вспомогательных исторических дисциплин в Историко-архивный институт, который вскоре перешел в ведение НКВД СССР[184]. Решающую роль в этом также сыграл Сперанский, возглавлявший в институте кафедру истории архивного дела СССР. Когда Устюгов получил приглашение от Сперанского, разработанного курса по данному предмету у него не было, и, завершая очередное занятие, он иногда говорил: «Я не знаю, что будет у нас на следующей лекции»[185]. Но в течение семестра ему удалось создать фактически с нуля курс блестящих по форме и содержанию лекций. В начале 1939 г. три части курса, посвященные хронологии, метрологии и сфрагистике, были размножены на стеклографе. Курс лекций Устюгова стал первым печатным обзором по вспомогательным историческим дисциплинам, вышедшим с 1924 г., когда было опубликовано последнее издание популярного в начале 1920-х гг. курса А. М. Большакова.

В 1939 г. Устюгову было присвоено ученое звание доцента по кафедре истории архивного дела[186]. В том же году из данной кафедры выделилась кафедра вспомогательных исторических дисциплин, которую также возглавил Сперанский. Вместе с ним на новую кафедру ушел Устюгов. Тогда же Устюговым и Сперанским был организован на новой кафедре научный кружок, из которого вышли такие выдающиеся ученые, как Е. И. Каменцева и Н. Ф. Демидова[187]. Поступившая в Институт в 1940 г. Н. А. Ковальчук писала в своих воспоминаниях о руководителях кружка: «Они умели легко, на ходу сообщать несведущим юнцам массу знаний и вместе с тем прививали им (т. е. нам) интеллигентные манеры обращения, приучали к хорошему русскому языку, невольно передавали лучшие традиции старой (дореволюционной) высшей школы новому поколению»[188].

Кроме лекций и занятий в кружке Устюгов проводил экскурсии по историческим местам Москвы. Н. А. Ковальчук в своих воспоминаниях описала его экскурсию по палатам Романовых на Варварке: «На Варварку мы направились в обход: из института по Никольской на угол с Красной площадью. Там в то время был пустырь после того, как уничтожили церковь Иконы Казанской Божьей Матери (восстановленную недавно). Николай Владимирович долго рассказывал историю ее постройки, старался передать словами архитектурный облик храма. Потом мимо ГУМа дошли до собора Василия Блаженного. Опять остановка, опять целая лекция о его истории. Только после этого двинулись к Романовским палатам. В то время начались археологические раскопки в Зарядье. Нижнюю часть дома лишь едва-едва извлекли из земли. В верхнем этаже уже блестели изразцы, позолота, красовались своей резьбой различные столы, столешницы, скамьи, стулья, висело несколько светильников, кое-где попадались иконы. Внизу же отдавало сыростью, выступали кирпичные стены, покрытые остатками глины. Мы были в вечернее время, вероятно, в ноябре. Пасмурная погода и сгустившиеся сумерки гармонично окаймляли восприятие событий, сопутствовавших началу Романовской династии»[189].

Уже в первые годы своей преподавательской деятельности Устюгов смог завоевать любовь и уважение студентов. Н. А. Ковальчук писала о нём: «Покорял он нас своей эрудицией, своей феноменальной памятью. Однако у него была слабость, от которой он, видимо, очень страдал. Бросалось в глаза его внимание к симпатичным девушкам типа скромных дореволюционных гимназисток. ‹…› Свою увлеченность Николай Владимирович скрыть не мог, так как обычно густо краснел при взгляде на свою избранницу. Мы все это замечали, он еще больше смущался и еще больше краснел. Однажды он даже был вынужден оправдываться. Произнес пламенную тираду на тему: “Способность человека краснеть от смущения говорит о его целомудрии”. Он об этом сказал, когда заметил, что покраснел кто-то из студентов. Мы же все поняли, что речь идет о самом Устюгове. Безусловно, мы его не судили за это, но слегка снисходительно и очень дружелюбно подсмеивались между собой над этим его невинным качеством. Ценили же его ум, разносторонность и глубину знаний, умение всецело отдаваться своему делу. Студентов он любил как собственных детей, готов был отдать им всё свое время и силы. Студенты это чувствовали и отвечали огромным расположением к нему. Присущую же ему в то время долю кокетства охотно прощали ‹…› его учебные пособия по вспомогательным историческим дисциплинам, увидевшие свет как раз в 1940 г., еще долгие годы служили студентам верой и правдой при подготовке к экзаменам»