В праздник Покрова Пресвятой Богородицы 1 октября 1896 г. отец Давид, к этому времени уже архимандрит, испытав усердие Иннокентия к иноческой жизни, постриг его в рясофор. Сразу после пострига инок Иннокентий (Сибиряков) уехал на Афон. Отец Давид оставался в Санкт-Петербурге, неся свое послушание. Он еще вернется на подворье в Санкт-Петербург, чтобы затем уже больше никогда не расставаться со своим духовным руководителем и, наконец, обосноваться на Святой Горе Афона. Недалеко от стен Свято-Андреевского скита будет устроен небольшой, но уютный, в два этажа, скит с церковью («добротная каменная келья с храмом»), где поселятся брат Иннокентий со своим духовным отцом – для жизни в строгом монашеском подвиге.

28 ноября 1898 г. архимандрит Давид постриг инока Иннокентия в мантию с новым именем Иоанн в честь Пророка и Предтечи Иоанна – Крестителя Господня. А 14 августа 1899 г. монах Иоанн (Сибиряков) принял постриг в великий ангельский чин – святую схиму – с именем Иннокентий в честь святителя Иннокентия Иркутского.

«Приняв великий постриг, – пишет один из первых биографов схимонаха Иннокентия (Сибирякова) монах Климент, – насельник Афонского Свято-Андреевского скита, отец Иннокентий проводил строго постническую и глубоко безмолвную аскетическую жизнь, беседуя лишь с Богом в молитвенных подвигах и наслаждаясь чтением душеполезных книг». И еще раз, через десять лет после смерти схимонаха, Климент скажет, что долго будут вспоминаться его братская любовь и неподдельное смирение, кои проявлялись у него во всех его поступках» [2, с. 51].

Попечением Иннокентия Михайловича Святая Гора получила дивной мощи и красоты Андреевский собор, самый крупный на Афоне, в Греции и на Балканах, рассчитанный на пять тысяч молящихся. Строительство этого храма обошлось Свято-Андреевскому скиту почти в 2 млн. рублей в исчислении того времени. Сооружение собора Андрея Первозванного занимает важнейшее место в ряду земных благодеяний выдающегося благотворителя.

На средства Иннокентия Сибирякова сооружаются корпуса Санкт-Петербургского подворья Русского Свято-Андреевского скита на Афоне. Позднее в скиту выстроят и четырехэтажный больничный корпус с тремя храмами: Святителя Иннокентия Иркутского; Благовещения Пресвятой Богородицы; Целителя Пантелеимона и Преподобного Серафима Саровского.

6 ноября 1901 г., после литургии в Андреевском соборе схимонах Иннокентий был приобщен Святых Христовых Таин, «а в 3 часа пополудни тихо кончил земное свое житие блаженной кончиной праведника. Так угас великий и чудный последователь Христов», – сообщает его современник [2, с. 57].

Ему был сорок один год. Причина смерти, по предположению братии, – скоротечная чахотка. От этой же болезни умерла и его мать Варвара Константиновна в возрасте сорока лет от роду.

Похоронили его не на монастырском кладбище, а с особой честью, которой по афонскому обычаю удостаивались только отпрыски византийского императорского дома и основатели обителей: за оградой скита, у западной стороны Андреевского собора рядом с могилой основателя Свято-Андреевской обители о. Виссариона. И через три года, когда подняли из земли его янтарного цвета главу, что свидетельствовало о том, что «этот друг Христов не только спас свою душу, но и много угодил Богу, главу схимонаха Иннокентия в знак особого почитания поместили в отдельном роскошном киоте» [2, с. 58].

Проникновенные строки посвятил своему брату-подвижнику Климент: «Еще в детстве, читая Четьи-Минеи, я восхищался богатырями христианского духа, кои, расточив предварительно на добрые дела свою собственность, бежали потом из мира в дикие пустыни и проводили в них жестокую, полную лишений, болезней и скорбей жизнь.