Золотопромышленник переходит жить на Санкт-Петербургское подворье Старо-Афонского Свято-Андреевского скита под покровительство своего духовного отца иеромонаха, позднее архимандрита Давида. Отец Давид был человеком незаурядным. По словам священника Павла Флоренского, архимандрит Давид (Дмитрий Иванович Мухранов) был на военной службе. Ушел в монахи в зрелые годы. Десять лет (с 1888 года) заведовал Санкт-Петербургским подворьем Андреевского скита, фактически построил его. Греческим митрополитом Филофеем он был возведен в сан архимандрита, и с 1908 года жил на Афоне.

Иеромонах Давид перед совершением пострига решил показать своему духовному сыну трудности монашеской жизни «изнутри» – тот молитвенный подвиг, в котором, по существу, и состоит жизнь афонских иноков. С этой целью они уезжают на Афон. Почему Иннокентий Михайлович выбрал Афон? Ведь даже родственники пытались отговорить его от монашеского пути или хотя бы удержать в одном из монастырей России.

Особый дух тысячелетних христианских традиций Афона всегда привлекал к себе склонные к иноческой жизни натуры. Афон был светочем в православном мире, «училищем благочестия и оплотом Православия». Русское афонское монашество отличалось от православных подвижников России особой жизнерадостностью вместе с радушием и любезностью. Возможно, на это влияла вечно зеленеющая, красивая южная природа или то «глубокое проникновение христианского настроения», которое жизнерадостно по самой своей природе. Во всяком случае, на Афоне трудно встретить монаха, недовольного судьбой и жизнью. Также афонских иноков отличала от простых русских монахов особая интеллигентность. Им необходимо было конкурировать с греками, ни в чем не отставать от них. Поэтому большинство русских афонских иноков говорит или по-гречески, или по-турецки; хранят книжные сокровища своих библиотек и сами издают душеспасительные и относящиеся к истории Афона сочинения» [2, c. 43].

Вот таких людей увидел на Святой горе Иннокентий Михайлович. Они были счастливы чистотой и высотой своих преображенных душ, и это счастье (часть со Христом) щедро дарили другим. Оно резко отличалось от представления о счастье, которое бытовало в миру. Иннокентий Сибиряков, который так долго искал ответ о смысле жизни, встретил на Афоне в лице святогорских иноков тот «образ Божий» человека, который и открылся ему как реально достижимый христианский идеал.

После паломнической поездки на Афон Иннокентий Сибиряков окончательно убедился в правильности избранного пути и возвратился в Россию с бесповоротным решением о полном разрыве с миром и уходе в монастырь.

При вступлении на монашеский путь, прежде чем совершится постриг, послушник проходит искус (испытание) не менее двух лет. Иннокентий Михайлович проходит монастырский искус и сворачивает свои дела, обильно жертвуя свое имущество и наличные средства. Вместе с единомышленниками устраивает на Васильевском острове при Первом реальном училище придел Святителя Иннокентия Иркутского в храме Александра Невского. Со святым праведным Иоанном Кронштадтским учреждает при приходе петербургских выходцев из Сибири Православное братство во имя святителя Иннокентия Иркутского, жертвуя на его деятельность крупную сумму. Он сам будет одним из разработчиков проекта Устава Братства. Отца Иоанна Кронштадтского и Иннокентия Михайловича Сибирякова изберут первыми почетными членами Братства.

Наконец Иннокентий Михайлович Сибиряков передает все наличные средства иеромонаху Давиду. В этом же, 1896 году, меценат побывал на Валааме, пожертвовав монастырю начальный капитал в размере 10 тысяч рублей для устройства в Никоновой бухте Воскресенского скита и церкви в честь апостола Андрея Первозванного (о чем уже говорилось). Позднее валаамские иноки выстроят на указанном месте Воскресенский скит, нижний храм которого будет освящен в честь апостола Андрея. Тогда же пожертвование в 10 тысяч рублей было подано и в Коневский монастырь «лицом, пожелавшим остаться неизвестным». Всех пожертвований Иннокентия Сибирякова невозможно установить. Благотворитель любил творить милостыню в тайне.