Самая большая неудача Ломоносова в области истории состояла в том, что ему не удалось создать крупную историческую работу, в которой была бы создана концепция истории Руси, укладывающаяся в рамки русского исторического нарратива, и при этом она выдерживала бы научную критику. Для этого требовалась большая и тщательная работа с письменными источниками, которая ему оказалась не по силам. Кратчайшее же изложение было явно недостаточным и существенно подкрепить русский исторический нарратив не могло.

Миллер после кратковременной опалы в 1750 году тем не менее довольно быстро вернул утраченные позиции и снова стал заниматься историей. В 1750 году он опубликовал первый том «Описания Сибирского царства». В 1754 году ему присвоили звание конференц-секретаря Академии наук и поручили ответственное дело – переписку с иностранными учеными, подбор профессоров для Московского университета, а также сотрудничество с Вольтером, который пожелал написать труд о царствовании Петра I. В 1755 году Миллеру также поручили редактировать «Ежемесячные сочинения, к пользе и увеселению служащие», который стал издаваться по предложению президента Академии наук Разумовского. Журнал издавался до 1764 года, до отъезда Миллера в Москву.

Миллер в это время составил несколько сочинений по русской истории, в том числе в 1761 году написал «О начале Новгорода и происхождении российского народа», в котором вынужден был присоединиться к мнению Ломоносова, что варяги, призванные на Русь княжить, были роксоланами из Южной Балтики. Ломоносов, пока был жив, тщательно следил за работами Миллера и препятствовал ему во всем, что казалось ему политически подозрительным. В частности, он добился, чтобы Миллер прекратил работу над исследованием истории Смутного времени, так что ему пришлось публиковать свои взгляды на русскую историю различными окольными путями.

После дворцового переворота 28 июня 1762 года, когда к власти пришла императрица Екатерина II, карьера Миллера пошла в гору. В 1764 году личный секретарь императрицы генерал-поручик (3-й ранг, соответствующий тайному советнику) И.И. Бецкой затеял учреждение и строительство в Москве Московского воспитательного дома, главным надзирателем которого именным указом императрицы был назначен Миллер. Он уехал в Москву, где строилось самое крупное в Москве каменное здание для этого учреждения. В марте 1766 года Миллер получил еще одно повышение и был назначен указом императрицы начальником Московского архива Коллегии иностранных дел.

Это было высокое и почетное назначение, в котором ясно видно, что императрица очень высоко ценила Миллера как историка. Московский архив был крупнейшим в России собранием древних документов. Вскоре после этого назначения умер Ломоносов.

Миллер постарался взять реванш за поражение в споре с Ломоносовым и выпустил работы, в которых отказался от вынужденного согласия с его концепцией варягов-роксалан из Южной Балтики. В 1768 году он издал латинский перевод своей речи 1749 года под названием «Origines Rossicae» в пятом томе «Allgemeine historische Bibliothek», издававшемся в Геттингене[181]. Вполне возможно, что в этом издании определенное участие принял Шлецер, который вернулся из Петербурга в Геттинген в 1767 году. Однако Миллер отказался от навязанного ему мнения очень осторожно. Публикация была анонимной и предварялась анонимным письмом из Санкт-Петербурга, в котором утверждалось: «Еще должен я Вам сказать, что в 5-м томе «Sammlung russischer Geschichte» (S. 385 и далее) г. Миллер отказался от своего, вызывающего споры утверждения о норманнском происхождении Рюрика и высказал предположение, что он пришел из Пруссии. Его основания меня не убедили. Рюрик все же был норманном!.. и в этой речи г. Миллер именно так и думал. Может быть, я сам напишу об этом когда-нибудь, но только не речь»