В период вегетации растений зерно может повреждаться вредителями и хлебными клопами, из которых наиболее распространен вредный клоп-черепашка (Eurygaster integriceps Put). Уколы в фазу молочной спелости зерна клопа-черепашки в колос вызывают у пшеницы недоразвитость зерна, снижают его технологические достоинства, от этих зерен повышается интенсивность дыхания всей зерновой массы. По данным Миловской, отношение интенсивности дыхания пораженного зерна к уровню дыхания здорового составляло 1: 1,26 (при поражении 4,5 %), а в пораженной ткани 1: 2,3–3,4. Зерновая масса пшеницы, имеющей зерна, пораженные клопами-черепашками, в хранении менее стойка.

Сильно загрязняется микроорганизмами зерно при уборке урожая. Их количество зависит от способа уборки. Прямое комбайнирование дает меньшую обсемененность зерновой массы микроорганизмами. Морфологические признаки зерна влияют на скопление на нем пыли вместе с микроорганизмами. Большому скоплению способствуют шероховатая поверхность эпидермиса, наличие бороздки и хохолка у мягкой пшеницы.

По данным Е. Н. Мишустина, численность микроорганизмов на 1 г свежеубранного зерна примерно следующая: рожь – 2500 тыс., пшеница – 1500 тыс., горох – 40 тыс., просо – 20 тыс.

Беднее микрофлорой, по сравнению с семенами пшеницы и ржи, семена пленчатых культур и кукурузы, початки которых закрыты обертками, а также семена бобовых, созревающих в стручках.

Микрофлора зерновой массы представлена в основном бактериями, но они для хранящейся зерновой массы не представляют особого значения за исключением только термофильных микроорганизмов.

В зерновой массе активно могут развиваться дрожжи. В большом количестве они появляются в закрытых силосах при ограниченном доступе воздуха и повышенной влажности зерна. Они могут расти при температуре от -2 до +47 °C. На одной зерновке может находиться свыше 60 тыс. колоний дрожжей. По своей природе дрожжи-эпифиты не наносят вреда зерну, но при их интенсивном развитии в зерновой массе появляется запах брожения.

Особое значение при хранении зерновых масс имеет грибная микрофлора. Грибы на зерне хлебных злаков, поражающие семена на вегетирующих растениях, называются «полевые», а развивающиеся в насыпи зерна «плесенями хранения». Заражение полевыми грибами зерен пшеницы при определенных условиях вызывает заболевание, получившее название «черный зародыш».

Грибы из рода Fusarium поражают сами растения злаковых культур и его репродуктивные части колоса. Это вызывает ухудшение качества зерна, оно становится щуплым, часто на его поверхности появляются розовые пятна, изменяется химический состав зерна, снижается всхожесть, ухудшаются технологические достоинства и возможно накопление токсических веществ.

По характеру заражения различают зерно явно фузариозное – при наличии конидиального плодоношения все зерно пронизывается гифами фузариума, и зерно, пораженное скрытой формой – грибница гриба распространяется в наружных слоях зерновки (в плодовой и семенной оболочках). Скрытая форма поражения возникает в случае позднего заражения вследствие инфицирования зерна во время уборки или при хранении с повышенной влажностью. Во время хранения при сильной степени развития гриба разросшийся мицелий может как бы сцементировать всю зерновую массу в плотные комья. Предотвратить развитие фузариума можно, соблюдая технологию хранения: не следует засыпать на хранение зерно с влажностью свыше 13–14 %, не смешивать влажное зерно с сухим и здоровым. Зараженные фузариумом зерна могут находиться в зерновых массах таких культур, как пшеница, рожь, овес, ячмень, гречиха, просо и кукуруза.