Джеймс Робинсон, один из главных редакторов библиотеки Наг-Хаммади, также подчеркивает, что апокрифические тексты могут содержать древние традиции, возможно, даже более ранние, чем канонические евангелия. Он считает, что «Евангелие от Фомы», представляющее собой сборник изречений Иисуса, могло опираться на устные традиции, которые существовали ещё до написания синоптических евангелий. Робинсон утверждает, что это евангелие предлагает иной взгляд на Иисуса как мистического учителя, передающего знания о божественной искре внутри каждого человека. Такое понимание могло бы изменить акценты в христианской теологии, если бы этот текст был принят в канон.

С другой стороны, Н. Т. Райт, известный теолог и епископ Англиканской церкви, занимает более традиционную позицию. В своих трудах он утверждает, что канонические евангелия являются наиболее надёжными источниками о жизни и учениях Иисуса. Райт полагает, что апокрифические тексты, особенно гностические, создавались значительно позже и отражают влияние эллинистической философии, которая искажала изначальное иудейское учение Иисуса. Он считает, что гностические тексты переосмысливали фигуру Иисуса в духе мистицизма, отдаляя его от исторического контекста и подменяя идею искупления через крест символикой тайного знания.

Археологические открытия также внесли значительный вклад в изучение апокрифических текстов. Находки в Наг-Хаммади в 1945 году и публикация «Евангелия от Иуды» в 2006 году открыли доступ к текстам, которые на протяжении веков считались утерянными. Например, «Евангелие от Иуды» показало, что в некоторых раннехристианских общинах Иуда воспринимался не как предатель, а как избранный ученик, который помог Иисусу исполнить его божественную миссию. Это открытие вызвало широкий резонанс в научной среде, заставив пересмотреть традиционные интерпретации роли Иуды в христианской истории.

Джон Доминик Кроссан, член «Иисус Семинар», придерживается более радикального взгляда. Он считает, что многие эпизоды в канонических евангелиях могли быть не историческими событиями, а литературными аллегориями. Кроссан предполагает, что «Евангелие от Фомы» могло содержать ранние изречения Иисуса, которые ещё не были подвергнуты теологической обработке церковными отцами. Он рассматривает этот текст как свидетельство существования мистической традиции в раннем христианстве, которая подчёркивала личный опыт Бога и внутреннее просветление.

Современные исследования показывают, что процесс формирования канона был сложным и многоплановым. Учёные согласны, что исключение апокрифических текстов из канона определило развитие христианства в направлении ортодоксии, где ключевыми стали догматы о воскресении, троичности Бога и роли церкви как единственного посредника между Богом и верующими. В то же время апокрифические тексты продолжают вызывать интерес, предлагая альтернативные версии учений Иисуса, которые акцентируют внимание на гнозисе, мистицизме и индивидуальном пути к спасению. Эти тексты становятся объектом исследований не только историков религии, но и философов, психологов и теологов, которые ищут в них вдохновение для обновления современного христианского мировоззрения.