На Овощной станции сотрудниками академии было организовано выращивание овощей для раненых госпиталя. Под руководством директора станции Евгении Васильевны Муратовой здесь в больших количествах выращивали лук, огурцы, корнеплоды. А на кафедре переработки плодов организовали изготовление витаминного экстракта из хвои для больных, что спасло тысячи жизней. Плодовая опытная станция в свою очередь снабжала госпиталь фруктами и цветами.

При академии работала и школа медицинских сестер. В ней занимались девушки-студентки. Они сочетали занятия в вузе и в этой школе. Многие из тех медсестер работали в госпитале. Несмотря на то, что в разных корпусах находились люди, различные по возрасту и образованию, помощь и уход все получали одинаковый. Отношение к раненым было очень хорошее, сестры милосердия сутками дежурили около больных. Женщины не только лечили, выхаживали их, но и поддерживали моральное состояние раненых, укрепляли их стойкость.

Во время авиа налетов больных приходилось спасать от бомбежек. Молодые сотрудницы тушили горящие бомбы, так называемые «зажигалки», которые падали на крыши зданий.

В годы войны из главного корпуса академии не только координировали учебным процессом. В его подвале располагался штаб МПВО. Сама жизнь диктовала необходимость организации противоздушной обороны. Налеты германской авиации на Москву стали регулярными уже на втором месяце войны.

Все военные годы заместителем начальника противоздушной обороны Москвы был выпускник Туркестанского госуниверситета и рыбохозяйственного факультета академии Ф. Г. Мартышев. Он блестяще справился со своей работой. Асы люфтваффе так и не смогли нанести существенный урон столице.

Причина тому была хорошо налаженная система ПВО и энтузиазм москвичей. Большинству преподавателей приходилось еженощно дежурить на чердаках учебных корпусов и жилых домов для защиты их от зажигательных бомб. Совместные дежурства преподавателей, сотрудников, студентов и участие в строительстве оборонительных сооружений сближали коллектив, делая его единым целым.

Хотя налеты на Москву, благодаря отличной противовоздушной обороне, прекратились весной 1942 г. подразделения ПВО оставались на своих позициях до 1944 г. В военной энциклопедии есть данные, что в период обороны Москвы, летчиками и зенитчиками совместно было сбито более 1300 самолетов противника31.

На территории академии, в здании 3-го корпуса в 1941—1942 гг. располагался еще один штаб. Это был запасной штаб обороны Москвы. Есть сведения, что сюда приезжали на военный совет К. Г. Жуков и Рокоссовский, а однажды прибыл сам И. В. Сталин.

В годы Великой Отечественной войны на территории парка располагался зенитный полк. Часть деревьев была уничтожена для его нужд. О зеленом богатстве в те годы не думали.

На станции метро Дмитровская на торцевой стене зала установлено скульптурное панно, посвященное обороне Москвы, в том числе и тем зенитчикам, кто день и ночь дежурил на полях Тимирязевской академии.

Несмотря на лишения, работа ученых не останавливалась. Академик П. И. Лисицын вывел новый сорт клевера – №216, академик М. П. Жуковский – сорта пшеницы ТСХА № I, Шаровидная, Грибобойная. Выпускник Тимирязевки, академик ВАСХНИЛ А. Г. Трутнев во время войны издал брошюру «Дикая флора Ленинграда, пригодная для питания», которая помогла многим ленинградцам выстоять в дни блокады.

В годы войны на территории академии были проведены работы, имеющие военное значение. В короткие сроки удалось организовать мастерскую по производству противотанковых бутылок с зажигательной смесью – знаменитых коктейлей Молотова. Также велись работы по световой сигнализации, по теории обстрела движущихся целей. Для того чтобы они велись централизованно было принято решение объединить Тимирязевскую академию с Институтом механизации и электрификации, Гидромелиоративным институтом, Мясомолочным институтом и Ветеринарной академией. Директором этой организации был назначен М. М. Соколов.