В 1942 г. в академии была организована специальная химическая лаборатория, которую возглавил доцент Ф. П. Платонов. Эта лаборатория оказала большую помощь фронту. В ее работе приняли участие И. Н. Заозерский, В. А. Полосин, П. И. Процеров, И. Ф. Недорезов, А. И. Денисова, E.A. Виноградова, Е. Г. Яворская, Т. П. Шитт. Лаборатория занималась поиском вещества, способного заменить гремучую ртуть во взрывчатке. Была разработана и передана для использования специальная аппаратура, в том числе запал для мин замедленного действия, универсальный воспламенитель бикфордова шнура, петарды для демаскировки врага, капсюли-взрыватели нажимного действия.

Одновременно было организовано производство боеприпасов, которыми снабжались партизаны. В этом важном деле принимали участие и сами партизаны.

Приказом Народного Комиссара Обороны СССР от 24 октября 1942 г. и приказом начальника инженерных войск Красной Армии от 28 октября 1942 г, «За плодотворную изобретательскую и рационализаторскую работу по созданию новых и усовершенствованию существующих образцов вооружения и снабжения Красной Армии» доцент Ф. П. Платонов, доцент В. А. Полосин, бригадир Е. Г. Яворская и И. Ф. Недорезов были награждены медалями. Им также была вручена благодарность от партизан Московской области.

Серьезный вклад в общую победу над врагом внесли преподаватели кафедры физической и коллоидной химии Е. Н. Гапон, С. Н. Алешин, А. Н. Иванов, А. И. Розенберг, Т. Н. Черникова, которые проводили исследования о поглощении боевых отравляющих веществ, коррозии металлов теплоносителями, стабилизации крови электролитами. Последняя тема, в частности, была очень важна для организации переливания крови и ее консервирования.

Другой медицинский аспект разрабатывался на кафедре биохимии: профессор И. С. Яичников занимался фундаментальной проблемой термического расщепления белков, а ассистент В. И. Трусов осваивал метод получения сырья для производства дефицитного по тем временам кофеина. Этот метод был реализован на двух птицефабриках Наркомата мясной и молочной промышленности.

В довоенные годы благодаря энтузиазму и организаторским способностям Д. Н. Прянишникова в СССР было открыто несколько заводов по производству химических удобрений, особенно азотнокислого аммония и калийной селитры. Эти заводы удалось быстро переоборудовать на производство пороха и взрывчатых веществ.

Доцентом кафедры механизации агрономического факультета П. Н. Листовым в 1942 г. был предложен и испытан простейший способ электросварки, составлена инструкция по его применению. Наркоматы обороны и земледелия СССР посчитали ее настолько ценной, что издали массовым тиражом. Результаты этой разработки были приняты к внедрению в системе Главного инженерного управления Красной Армии.

Профессор Н. В. Сабуров на кафедре переработки и хранения плодов был автором рационализаторских предложений, получивших широкое применение на фронте. Среди них: метод сдавливания палаток в походных хлебопекарнях, увеличивший их полезную площадь на 40%; конструкции простейших картофелечисток (введенных специальным циркуляром в качестве обязательных для всей армии), ведра-жаровни для доставки и прогрева пищи в окопах.

Заведующий кафедрой молочного дела, профессор Рубен Богдасарович Давидов разработал метод замораживания и использования в медицине плазмы крови, который получил широкое распространение в годы Великой Отечественной войны при лечении раненых.