Поезд на Самарканд, ушел, увозя большую часть преподавателей, сотрудников и студентов академии. Но и в Москве осталось некоторое число профессоров, преподавателей и научных работников. Некоторые из них были задержаны из-за работы в лабораториях, обслуживающих военные нужды, другие не были в состоянии выехать из-за болезни членов семьи, некоторые намеревались эвакуироваться в другие места к своим родным и т. п.

Несмотря на то, что у многих задержавшихся в Москве были на то серьезные причины, у некоторых работников академии стали неожиданно возникать ни на чем не основанные подозрения. Уже на второй и третий день можно было услышать от этих людей при встрече такой вопрос: «Как, вы еще не уехали?»

И эта фраза произносилась тоном, не оставляющим сомнения, что тебя в чем-то подозревают. Действительно, ничего нет хуже всеобщей подозрительности.

С 1929 г. по 1941 г. кафедрой молочного дела заведовал профессор Рудольф Эдуардович Герлах – известный сыродел немецкого происхождения.

То, что Р. Э. Герлах имеет немецкие корни, работать ему не мешало, и он пользовался заслуженным уважением со стороны коллег по академии. Но наступила Великая Отечественная война и у профессора начались проблемы. 4 ноября 1941 г. его арестовали по обвинению в шпионаже. Пять месяцев просидел профессор в тюрьме, все время подвергаясь допросам. И, несмотря на то, что предъявленное по 58-й статье УК30 тяжкое обвинение ничем не подтвердилось, тем не менее, он на пять лет был выслан в Казахстан в город Джамбул. Оттуда ему удалось в начале 1943 г. перебраться для работы по специальности на Алтай, а затем устроиться в Алтайский техникум, и получать при этом академическую пенсию.

Морально очень тяжелой была обстановка в покинутой Тимирязевке. Военные события не сулили никаких радостных надежд. Работа в академии была прекращена почти совершенно, учебные корпуса не отапливались, некоторые из них «консервировались» на длительный срок. Наготове стояла легковая машина для вызова в последнюю минуту заместителя директора, оставшегося в Москве для ликвидации всяких дел.

Главный административный корпус, где размещались дирекция и учебная часть, стоял с заколоченными окнами. В полумраке по комнатам бродила Александра Вячеславовна Метелкина, старший диспетчер и единственный оставшийся сотрудник учебной части. Вся ее фигура говорила о запустении и заброшенности, сильно напоминала Фирса в последнем действии «Вишневого сада», а заместитель директора, подобно купцу Лопахину из той же пьесы, распродавал как вишневый сад на вырубку академический лес, на который, ввиду отсутствия каменного угля, охотников было очень много.

Бытовая обстановка в домах преподавателей также была трудной. Дома не отапливались совершенно. Электричество было выключено. Керосина не хватало. В квартирах приспосабливались маленькие железные печурки, в которых готовилась еда и кипятился чайник. Печурки эти топились чем попало, но главным образом щепками. Редко удавалось достать немного дров.

Однажды жильцы профессорского корпуса решили своими силами пустить в доме отопление. Выяснили, что для этого требуется в сутки восемь кубометров дров. Договорились с заведующим Лесной дачей академии и отправились рубить дрова. Работали без перерыва целый день. В конце дня оказалось, что нарубили всего семь кубометров. Овчинка не стоила выделки.

Заметно улучшились условия жизни только с осени 1942 г. Все работники академии весной этого года получили земельные участки, на которых имели возможность вырастить овощи: картофель, капусту, свеклу, морковь и прочее. Выращивали и сахарную свеклу, из которой потом экстрагировали водой сахар и, уваривая сироп, получали нечто вроде сахара со специфическим свекловичным привкусом. Но этот сахар был питательным и по своим полезным качествам значительно превосходил сахарин, которого, впрочем, тоже невозможно было достать.