В царствование Екатерины II продолжалась практика создания временных следственных комиссий. Они расследовали особо важные дела, например попытку подпоручика В.Я. Мировича освободить из Шлиссельбургской крепости Иоанна Антоновича. Двадцатичетырехлетний секретный узник, который провел в одиночном заключении 23 года, так и не узнал ни о своем настоящем имени, ни об императорском титуле. Офицеры охраны, действуя в соответствии с тайными инструкциями, убили бывшего императора. Мирович был предан суду и казнен.

Обстоятельства чумного бунта в Москве в 1771 г. расследовал фаворит императрицы граф Г.Г. Орлов. В 1775 г. для расправы с участниками крестьянского движения под предводительством Емельяна Пугачева были созданы две комиссии, подчиненные генералу П.С. Потемкину. Этим комиссиям оказывали помощь специалисты из Тайной экспедиции. Екатерина II писала Потемкину: «В Москву теперь я отправляю Шешковского в Тайную экспедицию, который особливый дар имеет с простыми людьми и всегда весьма удачно разбирал и до точности доводил труднейшие разбирательства». Шешковский допрашивал предводителя крестьянской войны днем и ночью. Вместе со священником он сопровождал Емельяна Пугачева на казнь. Следует отметить, что императрицу особенно интересовал вопрос, почему бунтовщик выдавал себя за ее покойного мужа Петра III.

Во второй половине XVIII в. Россия постепенно расставалась с пережитками средневековья. При Екатерине II «слово и дело», как и было обещано в манифесте Петра III, утратило всякое значение. Первое время доносчики пытались заменить запрещенное выражение словом «секрет». Но за подобные выкрики строго наказывали. Екатерина II торжественно провозгласила отказ от пыток.

Однако сдвиги в общественном сознании происходили с большим трудом. Об отмене пыток сожалело даже высшее духовенство. Так, членов Верховного суда возмутила бесстрастность Мировича – «примечена в нем окаменелость, человечество превосходящая». Обер-прокурор Синода передал мнение церковных иерархов: «Некоторые из духовенства приговаривают злодея пытать». Императрица защищала свое нововведение, хотя ей самой не всегда удавалось выдержать роль просвещенной монархини. Сохранились рассказы о том, как она приказала Шешковскому увезти с маскарада заядлую сплетницу генеральшу М.Д. Кожину. Начальник Тайной экспедиции должен был «слегка телесно наказать» женщину и доставить ее на бал-маскарад «со всею благопристойностью».

У современников не было ни малейших сомнений в том, что Тайная экспедиция продолжала запрещенные пытки. Шешковский хвалился, что может заставить заговорить любого – достаточно только ударить его палкой по подбородку, чтобы затрещали зубы. Передавали за достоверное, что камера для истязаний увешана иконами, а начальник Тайной экспедиции, отличавшийся набожностью, поет акафист Иисусу, чтобы заглушить стоны истязуемых. Как-то князь Г.А. Потемкин, заметив в толпе придворных Шешковского, спросил его, как он в последнее время кнутобойничает?

Но то, что мог позволить себе фаворит императрицы, было недоступно другим. Одно имя начальника Тайной экспедиции вызывало трепет. Когда А.Н. Радищеву при аресте сказали, что его дело поручено Шешковскому, он упал в обморок.

История следствия и процесса над Радищевым показывает, как тщательно Екатерина II контролировала ведомство политического розыска и насколько тесными были ее контакты с Тайной экспедицией. Все преступление Радищева состояло в том, что он написал книгу «Путешествие из Петербурга в Москву», в которой подверг уничтожающей критике царский деспотизм и крепостные порядки. Успело разойтись всего 32 экземпляра, но один из них попал на стол императрицы.