Возрожденную Тайную канцелярию поручили Александру Ивановичу Ушакову. Он был типичным представителем петровской эпохи, человеком невысокого происхождения, прошедшим путь от солдата Преображенского полка до генерала и готовым взяться за любое поручение. Ушаков заведовал любимым детищем Петра Великого – корабельным строением. По приказу царя он занялся политическим сыском и был самым деятельным помощником Толстого.

Ушаков с необычайной ловкостью приспособился к последующим царствованиям. Как и Толстому, ему грозила опала при Петре II. Но в отличие от своего бывшего начальника Ушаков добился освобождения. Когда члены Верховного тайного совета в 1730 г. попытались ограничить самодержавную власть, Ушаков поставил свою подпись под прошением о восстановлении прерогатив монарха. Это обеспечило ему благосклонность императрицы Анны Иоанновны. После ее смерти в 1740 г. Ушаков сохранил свой пост при императоре-младенце Иоанне Антоновиче (1740–1741 гг.), когда регентом был герцог И. Бирон. И он же вел следствие над Бироном, когда его свергли фельдмаршал Б.К. Миних и вице-канцлер А.И. Остерман. А когда, в свою очередь, свергли Миниха и Остермана, то их опять-таки допрашивал Ушаков. При Иоанне Антоновиче начальник Тайной канцелярии вел дело группы лиц, отказавшихся присягать императору. А после свержения Иоанна Антоновича Елизаветой Петровной (1741–1761 гг.) Ушаков наблюдал за тем, чтобы из всех бумаг было вымарано имя императора-младенца. В глубокой старости Ушаков отошел от дел, уступив свой пост А.И. Шувалову, брату фаворита Елизаветы.

Русские цари и императоры не упускали из своих рук контроль над органами политического сыска. Все важнейшие дела докладывались царю Алексею Михайловичу, а его сын Петр Великий лично принимал участие в допросах. Было установлено, что по понедельникам с четырех часов дня Петр занимался розыскными делами в Тайной канцелярии. Анна Иоанновна писала развернутые резолюции на докладах Ушакова. Она расширила Тайную канцелярию, открыв московскую контору, которая по странному совпадению размещалась на Лубянке. Начальником московской конторы был назначен родственник императрицы С. Салтыков. Он рьяно принялся за дело. За первые четыре года московская контора рассмотрела 1055 дел и арестовала 4046 человек. Императрица Елизавета Петровна, несмотря на свою склонность к лени, постоянно выслушивала доклады Ушакова и Шувалова.

За полтора века через органы политического сыска прошли тысячи людей. Тайная канцелярия с подозрением относилась ко всему необычному. Руководители политического сыска при Петре I и его преемниках добились того, что их ведомство было окружено завесой тайны и страха. Слова, сказанные полушепотом в келье глухого монастыря или в избе на сибирском тракте, могли долететь до Москвы или Петербурга. Часто человеку приходилось держать ответ за неосторожное замечание, брошенное много лет назад. Были доносчики, намеренно вызывавшие собеседника на откровенный разговор, а потом сообщавшие о нем в Тайную канцелярию. Из этой сети не могла ускользнуть никакая мелочь.

Но все это еще не свидетельствует об эффективности политического сыска XVIII в. Поток мелких дел нередко заслонял от органов сыска действительно важные сообщения. Например, в 1707 г., в сентябре, в Преображенский приказ явился иеромонах Никанор и передал предупреждение генерального судьи В.Л. Кочубея об изменнических замыслах украинского гетмана И.С. Мазепы. Преображенский приказ сначала отмахнулся от иеромонаха, отправив его в Монастырский приказ. Но Никанор вернулся обратно к Ф.М. Ромодановскому. Тогда его допросили, заковали в цепи и отправили в ссылку. Кочубей был выдан гетману Мазепе. В июле 1708 г. ему отрубили голову, а в октябре того же года Мазепа выполнил свой долго вынашиваемый план, перейдя на сторону шведского короля Карла XII.