Тайная экспедиция не разбиралась в масонских течениях. Единомышленников Новикова обвиняли в пособничестве Французской революции, хотя розенкрейцеры были последовательными противниками народных выступлений. Впрочем, все масоны остались на свободе. Что же касается самого Новикова, то ему так и не смогли предъявить конкретных обвинений. Тем не менее он пробыл в Шлиссельбургской крепости до смерти Екатерины II.

Павел I (1796–1801 гг.) сделал несколько либеральных жестов. Он освободил Новикова и вождя польских повстанцев Тадеуша Костюшко. Однако его недолгое царствование запомнилось современникам как разгул произвола. В самом начале своего правления он пытался возродить обычай письменных доносов. На стене Зимнего дворца повесили ящик, куда каждый желающий мог положить сообщение для императора. Царь открывал его собственным ключом. Но в конце концов Павлу I пришлось отказаться от этой затеи, так как в ящик бросали ругательные письма и памфлеты против самого императора.

В некоторых мемуарах утверждается, что Павел I возродил методы следствия, характерные для времен Анны Иоанновны. Но надо учитывать, что Павел I, подобно своему отцу Петру III, вызвал сильное недовольство дворян. Известны сотни случаев, свидетельствовавших о непредсказуемости и сумасбродстве Павла I, но нет достоверных сведений о применении пыток в его царствование.

Вместе с тем царь сохранил Тайную экспедицию. Ее возглавлял А.С. Макаров, начавший карьеру под покровительством Шешковского и занявший место начальника после его смерти в 1792 г. В Тайной экспедиции содержались узники, оставшиеся от прошлого и даже позапрошлого царствования (один из них находился в заключении еще со времени Елизаветы Петровны). Но какой-либо значительной роли экспедиция уже не играла. Политический розыск находился в руках самого императора и целой череды быстро возвышавшихся и еще быстрее попадавших в немилость царских фаворитов. Ни сам Павел, ни его приближенные не сумели раскрыть заговор, который привел к гибели императора. Более того, военный губернатор столицы П.А. Пален, которому был доверен розыск, на самом деле являлся душой заговора. В ночь с 11 на 12 марта 1801 г. заговорщики убили Павла I в Михайловском замке.

Александр I (1801–1825 гг.) обещал править «по законам и сердцу бабки нашей Екатерины Великой». Через месяц после вступления на престол он повелел навсегда уничтожить Тайную экспедицию. Поскольку этот шаг совпадал с обещанием следовать примеру Екатерины II, создавшей Тайную экспедицию, в царском манифесте подчеркивалось, что великая императрица в свое время уничтожила Тайную канцелярию. Что же касается Тайной экспедиции, то пороки в ее деятельности, как утверждал манифест, проявились именно за последние годы. Упразднение политического розыска и торжественное подтверждение отмены пыток явились первыми шагами на пути либеральных реформ. В начале XIX в. были проведены административные реформы, улучшена система образования. Через некоторое время разрозненным реформам был придан целенаправленный характер. Один из советников царя, М.М. Сперанский, составил «План государственного преобразования», предусматривавший создание выборных законосовещательных органов, разделение властей и т. п.

Однако либеральные настроения в правящих кругах возобладали на короткий период. Самодержавная власть Александра I сохранялась в полном объеме. Вскоре от широко задуманных преобразований не осталось почти ничего. После вторжения и изгнания войск Наполеона в 1812 г. Александр I проводил внутреннюю политику, соответствующую принципам Священного союза. Олицетворением реакционного курса стал генерал А.А. Аракчеев. Но еще в разгар преобразовательной деятельности Александр I убедился, что абсолютизм не может существовать без тайной полиции. В 1805 г. царь, отбывая к русским войскам за границу, говорил, что в сложившихся обстоятельствах необходима «высшая полиция».