С середины 1920-х гг. стали активно разрабатываться правовые основы таможенного дела в СССР. В 1924 г. вышел Таможенный устав СССР, который в декабре 1928 г. заменил первый советский Таможенный кодекс.

В 1925 г. в соответствии с планом реорганизации таможенного аппарата на местах на территории СССР в составе Главного таможенного управления было создано 11 районных таможенных инспекторских управлений, в том числе и Белорусское.

В октябре 1926 г. в целях рационализации и экономии началась ликвидация таможен. Были упразднены Туровский речной таможенный пост, Полоцкая таможня, часть ее функций была передана вновь созданной Фариновской таможне. На 1 апреля 1927 г. в БССР действовало 6 таможен: Бигосовская, Фариновская, Минская, Радошковичская, Негореловская и Житковичская.

В начале 1930-х гг. в СССР возобновилась «рационализация» таможенной службы, в результате которой в Белорусском таможенном управлении к октябрю 1930 г. действовало уже 4 таможни: Негореловская, Фариновская, Бигосовская и Житковичская.

Во второй половине 1930-х гг. были ликвидированы практически все оставшиеся таможенные учреждения на территории БССР. К марту 1936 г. была упразднена Житковичская таможня, во второй половине 1937 г. – Бигосовская. На территории БССР оставалась лишь Негореловская таможня, которая действовала до ноября 1939 г.

После присоединения Западной Беларуси к БССР 20 ноября 1939 г. решением Народного комиссариата внешней торговли СССР была создана Брестская таможня для контроля за прохождением и досмотра граждан, выезжающих из западных областей БССР на постоянное место жительства в восточные районы БССР.

Начавшаяся в 1941 г. Великая Отечественная война и последовавшая затем оккупация БССР привели к полной ликвидации сложившейся в республике советской таможенной системы.

С окончательным освобождением белорусских земель от немецко-фашистской оккупации осенью 1944 г. на территории БССР начали создаваться таможенные учреждения. 27 октября 1944 г. НКВТ СССР издает приказ о восстановлении Брестской таможни. Осенью того же года на станции Лососно близ Гродно создан таможенный пост. В конце 1944 г. была открыта временная таможня в Берестовице. 10 февраля 1945 г. появилась временная таможня в Гродно, а 18 июня 1945 г. – таможня в Минском аэропорту. В первые послевоенные годы на территории БССР действовала Брестская, Гродненская, Берестовицкая и Минская таможни, а также таможенные посты. В 1950-е гг. в связи с сокращением объемов перевозок и поездок граждан число таможен начинает сокращаться.

Во второй половине 1960-х гг. на территории БССР произошла реорганизация таможенных учреждений, в результате которой изменилась структура Брестской таможни, были созданы новые таможенные посты.

Важным для таможенных отношений этого периода было принятие 5 мая 1964 г. нового Таможенного кодекса СССР. Кодексом предусматривались три задачи таможенных учреждений: контроль за соблюдением государственной монополии внешней торговли, проведение таможенных операций и борьба с контрабандой.

Во второй половине 1980-х гг. в условиях перестройки внешнеэкономических связей радикально пересматриваются структура и управление таможенным делом. Стало очевидным, что ведомственная подчиненность Главного таможенного управления Министерству внешней торговли СССР (до 1946 г. – НКВТ) не может обеспечить эффективного контроля за внешнеторговыми операциями, досмотром пассажиров и борьбой с контрабандой. В этой связи решением Совета Министров СССР от 12 февраля 1986 г. было образовано Главное управление государственного таможенного контроля (ГУ ГТК) при Совете Министров СССР на базе Главного таможенного управления Министерства внешней торговли СССР. Впервые за всю историю существования советской таможенной системы таможенная служба была выделена организационно.