В 1989 г. с отходом от государственной монополии внешней торговли начали формироваться новая таможенная политика и механизм таможенного контроля, изменялись функции таможенных органов, соответствовавшие международным стандартам. Принципиальные изменения в сфере внешнеэкономической деятельности СССР и ее таможенного обеспечения, ликвидация государственной монополии на внешнюю торговлю, модернизация таможенной службы привели к созданию самостоятельного таможенного ведомства и в БССР.

27 апреля 1990 г. решением ГУ ГТК СССР было образовано Белорусское управление ГУ ГТК СССР. Так, почти через 60 лет после ликвидации Белорусского отделения ГТУ на территории БССР вновь была сформирована территориальная таможенная структура.

Ухудшение экономической ситуации и дестабилизация политической ситуации в СССР привели к «параду суверенитетов» и расширению прав и полномочий союзных республик. После приобретения Беларусью суверенитета возросла необходимость в защите экономических интересов государства, на страже которых призваны стоять таможенные органы.

20 сентября 1991 г. Верховный Совет Республики Беларусь принял постановление «О таможенной службе Республики Беларусь», в соответствии с которым Белорусское управление Государственного таможенного контроля СССР преобразовалось в Государственный таможенный комитет (ГТК) Республики Беларусь с подчинением ему таможенных органов бывшего СССР, существовавших на территории республики, в которых работало около 1500 человек. Так было положено начало национальной таможенной службе суверенного белорусского государства, характеризующейся как правоохранительный орган, стоящий на защите экономических интересов страны. С этого момента начинается новый этап в истории отечественного таможенного дела. С 1996 г. в Республике Беларусь 20 сентября отмечается День таможенника как профессиональный праздник работников таможенной службы.

Переход на новые условия хозяйствования, формирование рыночной экономики, отказ от чрезмерной централизации и снижение роли государства в регулировании экономических процессов привели к существенной трансформации целей и задач функционирования таможенных органов. Несмотря на серьезные проблемы, обусловленные тяжелым социально-экономическим положением в стране, необходимо было за небольшой промежуток времени создать целостную структуру таможенной службы для обеспечения экономической безопасности суверенного государства. С первых дней существования белорусского государства началась работа по правовому обеспечению деятельности таможенных органов.

В 1992 г. принят Закон Республики Беларусь «Об основах организации таможенной службы Республики Беларусь», определивший правовые и организационные аспекты таможенного дела в республике и основные задачи таможенной службы, а также были утверждены Положение о Государственном таможенном комитете Республики Беларусь и Устав таможенной службы.

В 1993 г. введен в действие Таможенный кодекс Республики Беларусь и принят Закон «О таможенном тарифе». Это наиболее важные нормативные документы, сформировавшие правовую основу таможенного регулирования в Республике Беларусь. Наша страна изначально формировала свое таможенное законодательство на основании общепризнанных международных стандартов таможенного регулирования, формируя тем самым благоприятные условия для развития внешней торговли. Иногда это приводило к необходимости использования норм законодательства, к которым страна не была готова по уровню развития экономических отношений, таможенного регулирования. Примером может быть закрепление Законом «О таможенном тарифе» 1993 г. правил определения таможенной стоимости ввозимых товаров, которые служат одним из важнейших элементов торговой системы, сформированной Всемирной торговой организацией, т. е. не являясь членом ВТО Республика Беларусь еще в 1993 г. добровольно решила следовать важнейшим принципам международной торговли, несмотря на связанные с этим многочисленные проблемы.