17 июля 1998 г. был введен в действие новый Таможенный кодекс Республики Беларусь. 2 февраля 2000 г. утверждено новое Положение о Государственном таможенном комитете Республики Беларусь.
В марте 2001 г. по Указу Президента Республики Беларусь в целях сохранения и развития исторических традиций таможенных органов были учреждены геральдический знак (эмблема) и флаг таможенных органов республики.
С 1 июля 2002 г. была введена в действие Товарная номенклатура внешнеэкономической деятельности Республики Беларусь, разработанная на основе новой редакции 2002 г. Гармонизированной системы описания и кодировании товаров. Главное отличие от ранее действовавшей девятизначной классификации товаров по Товарной номенклатуре внешнеэкономической деятельности (ТН ВЭД) СНГ заключается в кодировании товаров по десяти знакам. Такая классификация позволила детализировать товарную номенклатуру, присваивая отдельный код ТН ВЭД товарам с одинаковыми наименованиями, но различными техническими либо потребительскими характеристиками.
27 сентября 2004 г. Указом Президента Республики Беларусь была утверждена присяга должностных лиц таможенных органов. Первыми ее приняли в октябре того же года руководство и сотрудники ГТК Республики Беларусь, а также сотрудники таможен.
1 июля 2007 г. вступила в силу новая редакция Таможенного кодекса Республики Беларусь, в которой учтены принципы регулирования внешнеторговых отношений Всемирной таможенной организации и механизмы таможенного регулирования, принятые в рамках Киотской конвенции по упрощению и гармонизации таможенных процедур 1999 г. Данный Таможенный кодекс был разработан на основе Таможенного кодекса Российской Федерации 2004 г., что связано с движением на сближение правил таможенного регулирования Беларуси и России. Такая работа, направленная на унификацию таможенных законодательств этих стран в рамках формирующегося Таможенного союза, начала проводиться с середины 1990-х гг.
2.3. Усиление роли таможенного регулирования в Республике Беларусь в условиях международной экономической интеграции, расширения внешнеэкономических связей и вхождения Республики Беларусь в мировой рынок
5 января 1995 г. с целью развития сбалансированных и взаимовыгодных экономических отношений и тесной таможенной интеграции было подписано «Соглашение о Таможенном союзе между Российской Федерацией и Республикой Беларусь». Соглашение явилось основополагающим документом на пути создания Таможенного союза между Казахстаном, Беларусью и Россией.
20 января 1995 г. Правительство Республики Беларусь, Правительство Российской Федерации, с одной стороны, и Правительство Республики Казахстан – с другой подписали «Соглашение о Таможенном союзе», в котором выразили готовность к формированию между тремя странами таможенного объединения. В марте 1996 г. к этому соглашению присоединилась Киргизия, а в 1998 г. – Таджикистан.
Образование Таможенного союза предполагалось осуществить в два этапа. На первом этапе планировалось отменить тарифные и количественные ограничения во взаимной торговле, создать общие условия регулирования внешнеэкономических связей, установить единый таможенный режим и общие таможенные тарифы, меры нетарифного регулирования в отношении третьих стран.
На втором этапе намечалось объединить таможенные территории стран-участниц в единую таможенную территорию с перенесением таможенного контроля с внутренних на внешние границы Таможенного союза.
Реализуя подписанные договоренности, в середине 1995 г. Российская Федерация и Республика Беларусь отменили пограничный таможенный контроль. На российско-казахстанской границе был введен упрощенный порядок таможенного контроля. К концу 1995 г. в основном ликвидированы тарифные и количественные ограничения во взаимной торговле России, Беларуси и Казахстана, установлен единый порядок регулирования внешнеэкономической деятельности.