Такое отношение к русским объяснялось вообще весьма высокомерным обращением византийцев к иноземцам. Как древние римляне, к потомкам которых они себя причисляли, всех невизантийцев они называли варварами. Также в Константинополе с тревогой замечали, что Русь постепенно оправляется после монгольского погрома и московские князья всё чаще задумываются и говорят о национальной русской Церкви, самостоятельной, не зависящей от церкви византийской. Такой ход событий не мог вызвать сочувствие в Константинополе. Империя переживала трудные времена, и перспектива лишиться материальной поддержки Руси её страшила.

Но вот все испытания позади, и 30 июня 1354 года Алексий был возведён в митрополиты.

Ещё при жизни святитель был прославлен как молитвенник и чудотворец.

Возвращаясь из второго путешествия в Константинополь, митрополит со спутниками едва не погиб. Корабль с путешественниками уже почти пересёк Чёрное море, скоро должен был показаться берег, как вдруг налетела страшная буря. Громадные волны швыряли корабль, как ореховую скорлупу, открылась течь, все готовились к смерти. Святитель Алексий в своей каюте-келье молился Господу и дал обет в случае спасения основать монастырь. Господь услышал молитвы святителя, ветер утих, волны улеглись. Все на корабле были ошеломлены свершившимся на их глазах чудом. Должно быть, точно так же были поражены апостолы, когда Господь укротил бурю на Тивериадском море. (Мк. 4:39.)

В ознаменование чудесного спасения святитель Алексий основал вблизи Москвы Спасо-Андроников монастырь.

В те годы Ордой правил хан Джанибек. У него занемогла жена, ханша Тайдула. Она почти совсем перестала видеть. Совсем недавно здоровая женщина уподобилась беспомощному малому ребёнку: куда бы ни захотела она пойти, всюду ей требовался провожатый. Джанибек выписал лучших врачей из далёкого Китая, по его приказу из далёкой страны Саха доставили шамана, славившегося необычайной чудодейственной силой. Шаман прыгал вокруг ханши, бил в бубен, кричал, окуривал больную дымом, но только рассмешил её. Сквозь мутную пелену, застилавшую её глаза, ханше было уморительно смешно видеть его прыжки и ужимки.

Горевавшей Тайдуле однажды приснился сон. К ней подошёл старец с длинной седой бородой, положил ей на голову руку, и она прозрела. Во сне она вспомнила, что старец – это московский владыка Алексий, посетивший хана и ханшу в своём первом путешествии в Византию.

Наутро из орды в Москву помчался гонец.

Не хотелось ехать святителю в Орду, но пришлось. Не тягот пути опасался он, вместе с гонцом прибыл отборный отряд ханских конников сопровождать его. Святителя смущала сама просьба, почти приказ. «Кто я такой, – смиренно размышлял святитель, – чтобы повторить чудо, явленное Самим Господом, исцелившим слепого Вартимея?»

В Орде по молитвам святого угодника Тайдула прозрела. Радости её не было границ. Джанибек с богатыми дарами отпустил святителя в Москву, и, как заметил летописец, «он был очень добр к христианству и при нём была большая льгота земле русской». (Соловьёв, 254.) Исцеление Тайдулы произошло в день чуда архистратига Михаила в Хонех. В память об этом событии святитель Алексий основал в Московском Кремле Чудов монастырь.

Внутренняя и внешняя политическая обстановка сложилась таким образом, что владыка Алексий был вынужден взять на себя помимо креста церковного ещё и крест государственного управления, стать не только церковным, но и государственным деятелем, заботясь о благе не одной Церкви, но всего государства.

Великий князь Симеон, умирая, завещал брату своему Ивану быть в послушании митрополиту Алексию: «слушали бы есте отца нашего владыки Алексия, тако же старых бояр, кто хотел отцю нашему добра и нам».