Однако, несмотря на свою преданность революции и боевые заслуги перед нею, он не пользовался доверием якобинского правительства. Дезе неоднократно оказывался в шаге от революционной гильотины. Комиссары Конвента – «кумачевая сволочь» – ходили вокруг этого выпускника Королевской военной школы как «коты вокруг свежей сметаны». Дезе хоть и беднейшего, но чистокровного аристократа, у которого 17 родственников, в том числе, два родных брата эмигрировали, в Париже опасались, считая роялистом. Утверждению такого мнения о нем среди якобинского руководства способствовало не только былое выступление Дезе в защиту королевской власти летом 1792 г., но и его отрицательное отношение к кровавому террору, развязанному якобинцами в стране, которое генерал и не думал скрывать, а также его открытое возмущение казнью генерала А. де Кюстина и насилием, проявленным якобинскими властями по отношению к его матери и сестре, брошенными в тюрьму по надуманному обвинению в «контрреволюционной деятельности».

Спустя некоторое время именно Дезе, уже ставший к тому моменту генералом, своей властью спасает от эшафота, попавших под подозрение эльзасских немцев, вступивших в сотрудничество с вошедшими в Эльзас пруссаками. Это был тяжелый проступок по кодексу революционной дисциплины.

Несмотря на самые лестные отзывы о Дезе не только командующего Рейнской армией генерала Шарля Пишегрю, но и «злого гения» французской революции Луи Сен-Жюста (комиссара Конвента при Рейнской армии), Конвент (якобинское правительство) снова распорядился об его аресте. Правда, когда комиссары явились в лагерь за Дезе, судьба явно хранила Луи-Шарля, солдаты, обожавшие своего начальника, обнажили штыки и прогнали их. В общем, обошлось и на этот раз. Якобинские главари, боявшиеся армии, оставили Дезе в покое.

И уже 28 мая 1794 г. Дезе принимал участие в сражении при Киррвейлере, которое закончилось для французов крайне неудачно и это – еще литературно выражаясь.

Возглавляя одну из дивизий Рейнской армии, Дезе успешно действовал в кампаниях 1794 и 1795 гг., неоднократно подтверждая свою высокую боевую репутацию. Его слава гремела по всем фронтам Республики. В 1796 г., находясь в Рейнско-Мозельской армии (ею командовал прославленный генерал Моро), которая считалась главной и самой лучшей армией Французской республики, Дезе участвовал в походе за Рейн.

Как всегда, его действия в Германии отличались большим искусством и смелостью. В результате внезапного и стремительного удара он разгромил корпус французских эмигрантов принца Луи Конде и овладел городом Оффенбург (на правом берегу Рейна, юго-восточнее Страсбурга). В сражении при Раштадте (на правом берегу Рейна, северо-восточнее Страсбурга) Дезе командовал левым крылом французской армии. Особенно отличился в ходе знаменитого отступлении Моро из Баварии через горы Шварцвальд, в ходе которого, прикрывая отход главных сил, Дезе командовал арьергардом армии, а затем упорной обороной плацдарма на правом берегу Рейна в районе Келя сковал действия всей австрийской армии эрцгерцога Карла. Он удерживал плацдарм до тех пор, пока всякая опасность для главных сил отступающей за Рейн армии Моро не миновала. Только после этого Дезе оставил занимаемый плацдарм. Его отход за Рейн ввиду многократно превосходящих сил противника был проведен блестяще.

И все же, именно ему пришлось подписать у австрийского эрцгерцога Карла и генерала Бельгарда капитуляцию кельского гарнизона 9 января 1797 г., когда стало окончательно ясно, что из-за деятельности «пятой колонны» Пишегрю французам под началом Моро не удастся удержать эти «ворота во Францию».