Кампания в Верхнем Египте продолжалась более 9 месяцев (с августа 1798 г. по май 1799 г.).

Все это время Дезе, располагавший весьма ограниченными силами (до 3 тыс. чел. с 2 орудиями), неутомимо гонялся за неуловимым Мурад-беем, имевшим многократное численное превосходство (свыше 10 тыс. чел.). Не давая противнику ни малейшей передышки, французы проводили многочисленные рейды с целью разгрома его отдельных группировок, отрядов или баз, усмирения взбунтовавшихся населенных пунктов или районов. Стычки с небольшими отрядами противника происходили постоянно. В ходе этой напряженной и изнурительной борьбы Дезе с непоколебимым упорством и настойчивостью решал поставленные перед ним задачи.

Наиболее крупные бои в ходе этой кампании произошли под Седиманом (7 октября 1798 г.), Самхудом (22 января 1799 г.) и Абиудом (8 марта 1799 г.). Все они закончились разгромом мамлюков, несмотря на их подавляющее численное превосходство. К концу мая 1799 г. основные силы мамлюков были уничтожены, и покорение Верхнего Египта завершено. Мурад-бей был вынужден прекратить сопротивление, изъявить покорность и признать установление французского правления в Египте.

За время своего пребывания на юге Египта Дезе показал себя умелым и умным военным администратором. Управляя завоеванным краем, он снискал не только признательность, но и уважение местного населения, называвшего его «султаном Эль-Адель» (справедливый правитель).

Боевые заслуги Дезе во время Египетского похода получили высокую оценку со стороны Наполеона Бонапарта, приславшего ему драгоценную саблю при очень лестном письме.

Покидая 24 августа 1799 г. Египет, Бонапарт в числе наиболее близких к нему генералов намеревался забрать с собой и Дезе. Однако ввиду поспешности отъезда, подготовка к которому проводилась в строжайшей тайне и в очень ограниченное время, своевременно вызвать Дезе из Верхнего Египта не представлялось возможным. Поэтому Бонапарт передал своему преемнику на посту главнокомандующего Восточной армией генералу Клеберу просьбу отправить Дезе во Францию при первой же возможности.

Такая возможность появилась только после заключения Клебером Эль-Аришского договора с Турцией (24 января 1800 г.) о перемирии и последующей эвакуации французских войск из Египта на почетных условиях. Но Англия отказалась признать этот договор, и под ее давлением турки разорвали его.

Дезе отправился во Францию сразу же после заключения соглашения в Эль-Арише. Его сопровождал английский офицер, который должен был наблюдать за соблюдением оговоренных в договоре условий. Разрыв договора произошел в то время, когда Дезе уже находился в пути. По прибытии в итальянский порт Ливорно (область Тоскана) он по распоряжению английского адмирала Кейта был задержан и объявлен военнопленным. Арестованному и доставленному к нему французскому генералу адмирал заявил, что выделяет на его содержание в тюрьме по 1 франку в день и с издевкой добавил: «Я полагаю, что вы, объявившие у себя принцип всеобщего равенства, будете вполне довольны, если я буду кормить вас наравне с солдатами?» – «Я всем доволен адмирал, – ответил Дезе. – Но я имел в Египте дело с турками, мамлюками, арабами и неграми, и все они держали свое слово, которое не сдержали вы. Единственное, о чем я прошу, это чтобы вы избавили меня от своего присутствия».

Пробыв месяц в плену, Дезе был освобожден по обмену и прибыл во Францию как раз в то время, когда Наполеон Бонапарт завершал подготовку к Итальянскому походу 1800 г. В армию Наполеона он явился за два дня до сражения при Маренго. Наполеон был несказанно обрадован прибытием своего боевого сподвижника, сразу же, отложив все дела, принял его и имел с ним продолжительную беседу. Дезе был назначен командиром корпуса, состоявшего из двух дивизий. На следующий день он получил приказ выдвинуться с одной дивизией своего корпуса (дивизия генерала Буде) к городу Нови (Нови-Лигуре), перерезать там дорогу Генуя – Алессандрия и воспретить переброске австрийских войск, только что овладевших Генуей, в район Алессандрии, где сосредоточивались главные силы австрийской армии генерала Меласа.