К началу Французской революции (1789) был 1-м лейтенантом, а вскоре получил чин капитана. Сочувствуя идеям революции, Дезе, в отличие от многих своих коллег-офицеров королевской армии, бежавших за границу, сразу же встал под ее знамена, но в то же время был противником допускаемых ею крайностей.

Когда в результате народного восстания 10 августа 1792 г. король Людовик XVI был свергнут с престола и арестован, то Дезе вместе со своим генералом открыто выступил против такой меры. Репрессии со стороны нового правительства последовали незамедлительно – оба они (и герцог-генерал, и его адъютант) были отстранены от своих должностей, арестованы и брошены в тюрьму.

В заключении Дезе провел около двух месяцев. Освобожденный по ходатайству нескольких влиятельных в то время генералов (А. Бирон, А. Кюстин и др.), он вернулся в Рейнскую армию. Сражаясь в ее рядах как командир подразделения, затем – части, он быстро выдвинулся, проявив в целом ряде боев и сражений выдающиеся военные способности, большую личную храбрость, отвагу и патриотизм. Командование Рейнской армии должным образом оценило боевые заслуги молодого офицера – в 1793 г. он был произведен в полковники, а через несколько месяцев – в бригадные генералы.

В скором времени Дезе приобрел известность одного из лучших генералов революционной армии. Благодаря его умелым и активным действиям французы сумели избежать крайне негативных последствий от потери Вейсенбургских укрепленных позиций. В сражении при Лаутербурге (1794), несмотря на тяжелое ранение в лицо, Дезе не покинул поля боя и даже не позволил перевязать себя, пока не привел в порядок свои расстроенные батальоны и не задержал мощное наступление противника. За этот подвиг он был произведен в дивизионные генералы. Это было высшее воинское звание во французской революционной армии, которого Дезе удостоился всего в 26 лет.

Однако, несмотря на свою преданность революции и боевые заслуги перед нею, он не пользовался доверием якобинского правительства. В Париже его опасались, считая роялистом. Утверждению такого мнения о нем среди якобинского руководства способствовало не только былое выступление Дезе в защиту королевской власти летом 1792 г., но и его отрицательное отношение к кровавому террору, развязанному якобинцами в стране, которое генерал и не думал скрывать, а также его открытое возмущение казнью генерала А. Кюстина и насилием, проявленным якобинскими властями по отношению к его матери и сестре, брошенными в тюрьму по надуманному обвинению в «контрреволюционной деятельности».

Враждебность якобинцев к Дезе все более нарастала. Несмотря на самые лестные отзывы о нем его непосредственных начальников – генерала Пишегрю (командующий Рейнской армией) и Сен-Жюста (комиссар Конвента при Рейнской армии), Комитет общественного спасения принял решение об аресте Дезе. Но когда прибывшие из Парижа с этой миссией комиссары Конвента появились в дивизии Дезе, то солдаты, обожавшие своего командира, их просто прогнали. После этого инцидента якобинские правители, боявшиеся армии, оставили Дезе в покое.

Возглавляя одну из дивизий Рейнской армии, Дезе успешно действовал в кампаниях 1794 и 1795 гг., неоднократно подтверждая свою высокую боевую репутацию. Его слава гремела по всем фронтам Республики. В 1796 г., находясь в Рейнско-Мозельской армии (генерал Моро), которая считалась главной и самой лучшей армией Французской республики, Дезе участвовал в походе Моро за Рейн.

Как всегда, его действия в Германии отличались большим искусством и смелостью.

В результате внезапного и стремительного удара он разгромил корпус французских эмигрантов (принц Конде) и овладел городом Оффенбург (на правом берегу Рейна, юго-восточнее Страсбурга). В сражении при Раштадте (на правом берегу Рейна, северо-восточнее Страсбурга) Дезе командовал левым крылом французской армии.