Основной методикой обучения являлось чтение и комментирование текстов (например, трудов Аристотеля, толкования христианских теологов и, конечно, текстов Священного Писания), при этом особое внимание уделялось практическому применению методов логики и диалектики, а также формированию умений в области риторики. Математике и астрономии обучались, используя трактаты Евклида и Птолемея. Будущие медики изучали труды Гиппократа, Галена, Авиценны, Разеса и др. Студенты конспектировали лекции, делали выписки из книг. Перепиской книг зачастую подрабатывали бедные студенты.

Главным научным методом – методом познания и исследования, а также дидактической технологией были схоластика и схоластическая логика, основанная «на применении аристотелевской логики к любому рассматриваемому предмету: будь то категории сделок между частными лицами, догмат о непорочном зачатии или виды лихорадки. Предмет разделяется на отдельные части, вычленяются главное и второстепенное, роды и виды, выносятся определения, по каждому вопросу приводятся мнения авторитетных авторов, вскрываются существующие между ними противоречия, выносится итоговое заключение (сентенция)» (Уваров, URL).

В образовательном пространстве средневекового университета центральное место занимали споры, связанные с противостоянием номинализма и реализма при постепенном возвышении первого. «На протяжении XIV века номинализм занял в университетах ведущую позицию. Различные попытки воспрепятствовать этому оказались безуспешными. Номинализм определенно являлся современным путем (via moderna) в философии, а традиционный реализм трактовался как старый путь (via antiqua). Теологически новый путь вел в определенном смысле к Лютеру, а философски – к британскому эмпирицизму» (Скирбекк, Гилье, 2003, с. 248ф

Естественнонаучные дисциплины и точные науки, входившие в состав квадривиума (арифметика, геометрия, астрономия, музыка), по объему, занимаемому в учебном плане, уступали гуманитарным дисциплинам. Уже в XIII веке в штате некоторых университетов были должности, которые предполагали исключительно исследовательскую деятельность, не связанную с преподаванием. Больших успехов в этот период в Оксфорде и Парижском университете достигла оптика, которую развивали Роберт Гроссетест (1175–1253) и Роджер Бэкон (1214–1292), а с середины XIV века и математика под руководством Николая Орема (1320–1382). Однако средневековое естествознание было наукой в основном эмпирической: ученые, исследуя явления природы, опирались главным образом на методы наблюдения и очень редко – на экспериментальные методы. «Они видели свою цель не в том, чтобы способствовать преобразованию природы, а стремились понять мир таким, каким он предстает в процессе созерцания, не вмешивались в естественный ход событий и не руководствовались соображениями практической пользы» (Молокова, 2011, с. 5). Впервые эксперимент, как значимый элемент методологии научных исследований, был введен Р. Бэконом.

Длительность обучения варьировала в зависимости от специализации, кроме того, в разных университетах сроки обучения были различны, в среднем обучались от шести (на факультете свободных искусств) до десяти лет и выше. Иногда для получения той или иной специализации могло потребоваться предварительное обучение. Так, в Парижском университете, чтобы получить степень доктора медицины или доктора права, сначала нужно было окончить факультет свободных искусств, который обеспечивал получение знаний по курсу тривиума (6 лет обучения). Минимальный срок обучения теологии равнялся 8 годам, фактически же богословию, которое рассматривалось как наука всех наук, обучались не менее 15–16 лет. Вершиной богословской карьеры было получение степени доктора теологии. Наибольшей же популярностью у населения пользовались факультеты права, которые открывали выпускникам широкие карьерные возможности. Степени бакалавра и магистра давали право на преподавание.