Средневековый университет во многом носил церковный характер. В XIII веке он считался «хранителем ключей всего христианского мира» (Уваров, 1991). Множество учебных заведений университетского типа было организовано монашескими орденами. Католической Церкви были необходимы высокообразованные проповедники, специалисты в области канонического права и др. Особенно большое влияние на университеты (в первую очередь, на Парижский, находившийся под официальной властью Ватикана) оказывали ордена доминиканцев и францисканцев, которые находились под защитой Святейшего Престола.

Из рядов монашества вышли многие выдающиеся богословы-схоласты, получившие образование в европейских университетах и преподававшие в них, например Альберт Великий (обучался в Падуанском университете), Фома Аквинский (обучался в университете Неаполя и Кельнском университете, преподавал в Парижском университете), Бонавентура (окончил Парижский университет), Уильям Оккам (окончил Оксфорд), Петр Абеляр (окончил Парижский университет), Дунс Скотт (преподавал в Оксфорде и Париже). Мартин Лютер обучался в Эрфуртском университете и получил степень магистра свободных искусств. В целом, и территориальное распространение университетской системы в Европе совпадает с территорией становления и распространения западного христианства.

Развитие европейского университета послужило толчком к появлению в средневековом обществе новой прослойки – интеллектуалов (интеллигенции), которые появились «в силу разделения и дифференциации труда, когда умственная/интеллектуальная/преподавательская деятельность стала столь же необходимой и востребованной, как и другие виды/роды трудовой деятельности» (Лаврухин, URL). Многие средневековые ученые, преподававшие в университетах, обладали широкими энциклопедическими познаниями в различных областях. Так, например, Филипп Меланхтон (1497–1560) – немецкий гуманист, теолог и реформатор (соратник Мартина Лютера), педагог, профессор греческого языка Виттенбергского университета – написал целую серию учебников для школы и университета по логике, диалектике, теологии, риторике, этике, психологии и физике. Меланхтон также разработал университетский устав, предполагавший подготовку высокообразованных богословов и искусных риторов, сведущих не только в Писании и патристике, но и в античной и средневековой литературе и культуре своего времени.

Изначально университетское образование было в большой степени интернациональным: в каждом из университетов обучались студенты из различных европейских государств, объединенных в землячества. Однако к середине XV века в ряде европейских стран стали формироваться стабильные национальные модели университетов, разрабатывающие собственные научно-образовательные и культурно-просветительские концепции, базирующиеся на актуальных общечеловеческих и конкретно-исторических ценностях. В системе европейского университетского образования применялись различные гуманитарные образовательные технологии, такие как методика соединения занятий философией с красноречием, обновление комплекса текстовых и других видов материалов, использующихся в процессе учебно-научной деятельности, и др.

В целом же, создание национальных университетов не спасло университетскую систему от кризиса, первые признаки которого (сокращение численности преподавателей и студентов, уменьшение числа рабочих вакансий выпускников, отрицательное влияние папской власти на развитие науки) проявились еще в начале XIV века и значительно усугубились в XV веке, а к XVI веку, по мнению П.Ю. Уварова (1987), европейский университет окончательно утратил монополию на образование. К этому периоду во всех университетах Западной Европы обнаружилась тенденция к росту диспропорции между растущим количеством выпускников университета и снижением числа светских и церковных вакансий в сфере трудоустройства. Наиболее выгодные места захватывают отпрыски дворянских семейств, окончившие аристократические колледжи, в то время как остальные выпускники вынуждены довольствоваться постами сельского священника или учителя.