Горийское духовное училище он окончил в 1894 году практически на круглые пятерки. Хотя Иосиф был уже взрослым юношей, многое в жизни за него решала мама.

Учитель С. П. Гогличидзе перешёл в 1894 году преподавать из Горийского духовного училища в Тифлисскую учительскую семинарию и предложил забрать своего ученика Сосо с собой, чтобы устроить его в эту семинарию на казённый счет. Однако Екатерина отказалась от помощи, она хотела, чтобы её любимый сын посвятил себя служению богу. В итоге Иосифа Джугашвили рекомендовали к поступлению в духовную семинарию, где за обучение пришлось платить деньги.

Иосиф Джугашвили, 1894

По свидетельству Г. В. Паркадзе, когда Сосо поступал в семинарию, «за него хлопотал историк-археолог Фёдор Жордания», который преподавал в Тифлисской православной семинарии. Кроме Ф. Жордании Иосифу содействовал также Георгий Чагунава, который занимал должность эконома в Тифлисской духовной семинарии. В конце августа Сосо успешно сдал экзамены по восьми предметам, и 2 сентября «на общих основаниях» его зачислили в семинарию.

Обучение там обходилось в 40 руб. ежегодно, при этом требовалось возмещать расходы за содержание семинаристов: проживание их в общежитии, питание и приобретение одежды. Из общих правил допускались исключения – разрешалось принимать на казённое содержание «сирот, а также из имеющих родителей тех, которые представили надлежащее удостоверение о своём недостаточном имущественном положении и которые, кроме того, оказали лучшие успехи и поведение, преимущественно из воспитанников духовного звания».

Сосо подал прошение на имя ректора семинарии, в котором просил принять его «на полу казённое содержание».

«На счастье, – вспоминал С. П. Гогличидзе, – у Кеке среди преподавателей оказались знакомые, они знали, как нуждается Кеке, сказали об этом ректору, заявив также на собрании, и Сосо был принят…». 3 сентября его зачислили в качестве полупансионера, что позволяло ему бесплатно проживать в общежитии и пользоваться столовой. При этом от Иосифа требовалось выплачивать 40 руб. в год за обучение, а также одеваться за свой счёт.

Срок обучения в семинарии составлял шесть лет, при этом преподавались не только богословские, но и общеобразовательные дисциплины. За первые четыре года обучения учащиеся проходили гимназический курс, а два последних года посвящались преимущественно освоению богословских дисциплин. Выпускник семинарии имел право поступить на любой факультет университета при условии успешной сдачи туда экзаменов.

Первый класс Иосиф окончил в основном на «хорошо», помогали незаурядные способности: блестящая память, пытливый ум, целеустремленность, упорство.

По окончании первого класса Сосо посетил редакцию газеты «Иверия», куда он принёс свои стихи. Его принял сам Илья Чавчавадзе, который направил Иосифа к секретарю редакции Григорию Федоровичу Кипшидзе. Тот отобрал пять стихотворений, и вскоре они появились на страницах газеты.

Второй класс Сосо окончил неплохо, передвинувшись по итогам года в списке класса с 8-го на 5-е место.

В годовых оценках за второй класс пятерка была лишь по церковнославянскому пению и поведению, по остальным предметам – четверки.

В архиве духовной семинарии сохранился «Журнал поведения» за 1896 год, в котором есть записи о чтении семинаристом Джугашвили «запрещенных книг», в частности, романа Виктора Гюго «93-й год».

Иосиф в семинарии, 1896

Юноша проводил много времени в книжном магазине, принадлежавшем некоему Челидзе, куда молодые люди приходили почитать современную литературу, в том числе и политическую. Сосо стал регулярно посещать частную «Дешёвую библиотеку», хотя это запрещалось семинарским уставом. Наведывался он и в букинистический магазин, но там книги были дорогие. Он читал их в самом этом магазине, благодаря своей прекрасной памяти, многое усваивал.