Ближе к осени Софья начала упрашивать священника Христофора: «Дорогой, похлопочи. Помоги этим людям и как-нибудь устрой мальчика в духовное училище». В то время в туда принимали только детей священников и дьяконов. Христофор на свадьбе Джугашвили пел в соборе, поддерживал дружеские отношения с сапожником Бесо – они часто выпивали вместе после выполнения обувного заказа.

Подумав, Чарквиани нашёл выход из положения. Сам написал заявление о том, чтобы сына дьякона, (дружка Бесо он представил как своего дьякона) очень способного мальчика, приняли в училище. Такое прошение помогло, ребёнка допустили к экзаменам. После успешной их сдачи Иосифа приняли сразу во второй подготовительный класс духовного училища. Екатерина с матерью были счастливы.

Сосо в духовном училище

Но Виссарион продолжал настаивать на том, чтобы мальчик помогал ему в мастерской, заявляя, что в его годы он сам был уже правой рукой своего отца. Однажды, когда Сосо учился уже второй год, Виссарион пришёл в училище и силой увёл мальчика в свою запущенную мастерскую. В ответ на это, Екатерина обратилась за помощью к соседу, уважаемому в городе Якову Эгнаташвили, имевшему влияние на Бесо, помогли также учитель Давыдов и директор училища Беляев. Долго уговаривали Виссариона, но в итоге вернули Иосифа матери, мальчик смог продолжить обучение.

Бесо считал позором, что он (хозяин в доме) отступил от своего желания сделать сына сапожником, сгоряча он решил оставить семью. Виссарион ушёл в город Тифлис, где устроился работать на кожевенной фабрике Адельханова.

Екатерина осталась одна с маленьким сыном, стало труднее жить. По-прежнему существенную помощь им оказывала семья Эгнаташвили. Его супруга Мариам очень любила семью Джугашвили, жалела маленького Сосо, часто присылала полную корзину продуктов. Хотя ни Яков, ни Мариам ни разу не попрекнули Екатерину, всё же ей не хотелось жить, как иждивенка, и она начала работать сама в чужих семьях – стирала, убиралась, готовила еду.

В церковный праздник «Крещение» 1890 года (по свидетельству учителя пения С. П. Гогличидзе) лошади фаэтона (открытая конная повозка) понесли с горки, повозка врезалась в участников церковного хора, при этом сильно пострадал Сосо. У мальчика оказалась разбита голова, колёса переехали ноги, была повреждена левая рука, которая до конца жизни полностью не разгибалась. Травмы оказались очень серьёзные, потребовалось лечение в Тифлисе. Тогда то и помог Виссарион, который увёз сына из Гори, устроил его в больницу Тифлиса.

А когда Иосиф выздоровел, отец привёл его на фабрику, где Сосо проработал несколько месяцев, и мог бы стать со временем сапожником, если бы вновь не вмешалась мать. Она проявила решительность, не слушая никаких возражений, забрала Сосо с фабрики и увезла его к себе в Гори, а там осенью Иосиф снова сел за парту.

В духовном училище Сосо усердно учился, числился в первых учениках, пел в церковном хоре, участвовал в торжественных молебнах. Со временем он начал проявлять интерес к произведениям грузинской литературы. Самое сильное впечатление на него произвела повесть Александра Казбеги «Отцеубийца». Смелый охотник по имени Коба из этого произведения боролся с несправедливостью и отомстил за друга. Коба стал одним из партийных псевдонимов Иосифа Виссарионовича. Его друзья детства вспоминали, что Сосо настаивал, чтобы все окружающие его именовали именем Коба. Он хотел походить своими делами на героя из книги.

В училище Иосиф начал сочинять стихи, научился хорошо рисовать. Принимал активное участие в церковном хоре, обладая превосходным музыкальным слухом.