ЦК Коммунистической партии (большевиков) Казахстана 10 апреля 1951 г. принял постановление по поводу этой статьи и дал указание «о коренном уничтожении вируса национализма».

Е. Бекмаханова исключили из коммунистической партии, а 24 апреля 1951 г. на расширенном заседании научного совета в Высшую аттестационную комиссию было внесено предложение о лишении Ермухана Бекмаханова степени кандидата исторических наук и степени доктора исторических наук.

Получили строгие выговоры, были лишены научных степеней и освобождены от занимаемых должностей Е. Дилмухамедов за труд «Восстание казахов в 1837—1847 годы под предводительством Кенесары Касымова» и А. Жиреншин за труд «Абай и его русские друзья». Именно они во время дискуссии в Алма-Ате защищали труд Ермухана Бекмаханова.

В июне 1951 г. президиум Академии наук Казахской ССР принял постановление «О реализации постановления бюро ЦК КП (б) Казахстана от 10 апреля 1951 года». Высшая аттестационная комиссия 6 октября того же года лишила Ермухана Бекмаханова ученых степеней и званий.

На пленуме ЦК КП (б) Казахстана, который проходил 16—17 октября 1951 г., был обсужден доклад первого секретаря ЦК Компартии Казахстана Жумабая Шаяхметова «О состоянии идеологической работы в партийных организациях республики и ее дальнейшем совершенствовании».

Исключенный из партии, оставшийся без работы и званий Ермухан Бекмаханов преподавал историю в школе села Нарынкол Алматинской области, а через два месяца стал работать учителем Новотроицкой средней школы Чуйского района Жамбылской области. 5 сентября 1952 г. Бекмаханов был арестован и 2 декабря того же года отправлен на 25 лет в ГУЛАГ [36].

После смерти Сталина Анна Михайловна Панкратова обратилась к Никите Хрущеву, объяснила ему суть дела – дело Бекмаханова было пересмотрено и 16 февраля 1954 г., он был реабилитирован. В тот день, когда он освободился, у него не было даже теплой одежды. Панкратова дала ему денег и сказала: «У тебя есть друзья, но есть и враги. Ты должен хорошо выглядеть». Ермухан называл ее второй матерью и впоследствии говорил: «Я впервые почувствовал свое сердце, когда хоронил Анну Михайловну».

В гостинице «Гранд-отель» московские ученые устроили банкет по случаю освобождения Е. Бекмаханова.

Однако в Алма-Ате он не мог устроиться на работу. Помогло вмешательство первого секретаря ЦК Компартии Казахстана Пантелеймона Пономаренко – в сентябре 1955 г. он был принят на работу преподавателем Казахского университета. Студенты КазГУ и КазПИ (ныне педагогический университет) пытались добиться восстановления Бекмаханову ученой степени. В результате один из студентов был исключен из КазПИ, другие предупреждены. Благодаря помощи А.М.Панкратовой в 1957 г. в издательстве АН СССР «Наука» в Москве вышла монография Бекмаханова «Присоединение Казахстана к России», им была вторично защищена докторская диссертация. В 1958 г. он стал заведовать кафедрой.

После освобождения Бекмаханов стал очень осторожным. В учебнике «История Казахской ССР» для 7—8 классов, авторами которого были Ермухан Бекмаханов и его дочь Найля Бекмаханова, 29 параграф, под названием «Феодально-монархическое движение Кенесары Касымова в 1837—1838 годы», поместился всего лишь на одной странице. В этом параграфе «реакционное» движение Кенесары Касымова представлено как «феодально-монархическое движение казахских аристократов». Вывод о том, что «это движение стало препятствием на пути присоединения Казахстана к России», слово в слово совпадал с формулировкой в газете «Правда». Учебник был затем многократно переиздан, по нему учили не одно поколение казахстанских школьников [36].