В конце 1941 г. Бекмаханову представился «счастливый случай» – в Алма-Ату была эвакуирована группа московских и ленинградских историков во главе с член-корреспондентом АН СССР Анной Михайловной Панкратовой (с 1953 г. – академик). В этой группе были профессора Н. Дружинин, А. Кучкин, М. Вяткин и др. Пятеро из них во главе с А. Панкратьевой вместе с казахскими историками в 1943 г. издали однотомник «История Казахской ССР». Ермухан Бекмаханов стал автором 4-й главы этой книги о национально-освободительном движении под предводительством Кенесары Касымова.

Книга вышла благодаря А. Панкратовой, которая направила письмо в Центральный комитет Коммунистической партии Казахстана о том, что всю ответственность за научное и идеологическое содержание будущей книги берёт на себя (журнал «Вопросы истории», №11, 1988 г.).

«История Казахской ССР» стала первым фундаментальным научным трудом по национальной истории в СССР и была выдвинута на соискание сталинской премии. Премию книга не получила, по мнению А. Панкратовой, из-за козней Алексея Яковлева, который был членом-корреспондентом Академии наук СССР и членом Комитета по Сталинским премиям и академика Евгения Тарле, с которым у А. Панкратовой были натянутые отношения.

В 1943 г. Бекмаханов защитил кандидатскую диссертацию.

Анна Михайловна Панкратова добиваясь объективной оценки труда коллектива авторов «Истории Казахской ССР» дошла до Центрального комитета ВКП (б) и 29 мая 1944 г. в Институте истории Академии наук СССР под руководством секретарей Центрального комитета (в том числе Андрея Жданова и Георгия Маленкова) прошло обсуждение «с целью «рассмотрения некоторых тенденций в исторической науке». На собрании Е. Тарле, А.И.Яковлев, С.К.Бушуев дали оценку «Истории Казахской ССР» как книге, «написанной против русских, восхваляющей национальное восстание против России» (Письмо Панкратовой. Журнал «Вопросы истории», №11, 1988 г.), но некоторые моменты были высоко оценены.

Институт истории Академии наук СССР не принял никакого постановления, дающего какую-нибудь оценку по этому вопросу. Однако некоторые казахские ученые, завидовавшие Бекмаханову, критические замечания, высказанные на этом заседании, впоследствии использовали против Бекмаханова.

Параллельно Е. Б. Бекмаханов работал над докторской диссертацией «Казахстан в 20-е и 40-е годы XIX века», в которой одна из глав посвящена Кенесары Касымову. В октябре 1946 г. он защитил эту работу в Ученом совете Института истории АН СССР, став первым казахом – доктором исторических наук, а в 1947 г. издал ее отдельной книгой.

После защиты диссертации завистники из числа казахских коллег Бекмаханова начали против него войну. С обвинениями против Е. Бекмаханова выступили казахские историки Х. Айдарова, Т. Шойынбаев и М. Акынжанов. Поэтому 28 февраля 1948 г. Институт истории Академии наук СССР 28 февраля 1948 г. вынес книгу на обсуждение московских ученых.

Выступившая на собрании казахская историк Х. Айдарова обрушилась с обвинениями в адрес Бекмаханова, заявив, что Бекмаханов не справился с поставленной задачей, совершил с методологической точки зрения крупные ошибки, совершенно не смог дать правильную оценку ни восстанию, ни личности Кенесары Касымова. Причину этого Х. Айдарова увидела в том, что Бекмаханов придерживался «буржуазной и буржуазно-националистической концепции, а выдержки из трудов классиков марксизма-ленинизма использовал для отвода глаз».

После Айдаровой выступили восемь российских историков, которые, отметив некоторые недостатки работы, дали весьма высокую оценку труду Ермухана Бекмаханова [36].