Победоносцев стал политической жертвой революции 1905 года, а синодальная система – нет. Война и беспорядки послужили предлогами для отсрочки предполагаемого собора, который состоялся только после падения режима Романовых в феврале 1917 года. Самым значительным структурным изменением, которое церковь пережила после 1905 года, было снятие ограничений на свободу ассоциаций приходского духовенства. Хотя епископы по-прежнему чувствовали опасность, которую собрания духовенства представляли их церковной власти, во многих ответах на Циркуляр 3542 епархиальные съезды признавались пастырскими институтами. Митрополит Московский Владимир, например, заявлял: «Что касается существа дел, подлежащих ведению съездов, то желательно расширить круг этих дел, не ограничивая его только одними хозяйственными и экономическими вопросами, но простирая заботу их на все пастырское делание»262. 18 ноября 1905 года Синод уполномочил всех приходских священников с одобрения архиерея проводить пастырские собрания на уровне благочиния, уезда и епархии и включать в эти собрания мирян. Он также разрешал священникам приглашать до 12 взрослых прихожан для формирования церковно-приходского совета ради содействия более тесному сотрудничеству между духовенством и мирянами. Постановление Синода предварялось следующим пояснением: «В тяжелые дни великой скорби, постигшей державу Российскую, когда колеблются отеческие предания и дерзновенно попираются закон и правда, является настоятельнейшая и неотложная нужда в теснейшем единении пастыря с паствой и в постоянном взаимообщении пастырей»263. После многих лет ограничений и регулирования Синод теперь призывал приходское духовенство расширять свои сети свободных объединений, чтобы осуществлять социальную миссию церкви в разгар Первой русской революции.

С 1905 и вплоть до 1908 года Российская империя пережила несколько кризисов, которые едва не привели к ее краху. Первое десятилетие правления Николая II было отмечено ростом политической напряженности, крестьянскими восстаниями, городскими забастовками и политическими убийствами. Взойдя на престол в 1894 году, он сразу отверг предложение группы тверских либералов о расширении роли земств в управлении Россией как «бессмысленные мечтания» (фраза, взятая у Победоносцева) и заявил о своей непоколебимой приверженности самодержавию264. Это выступление вместе с репрессивными мерами против местного самоуправления вызвало возмущение земских активистов, которые начали проводить в Москве неформальные собрания и нелегальные съезды с целью организации всенародного земского собрания265. Тем временем режим потерпел ряд сокрушительных поражений в войне с Японией 1904–1905 годов (которую, по мнению многих в России и мире, империя легко выиграла бы), что способствовало политическому неповиновению на многих фронтах. Катализатором открытого восстания послужила церковь. Отец Георгий Гапон, петербургский священник, организовавший терпимое властями рабочее объединение, 9 января 1905 года возглавил крестный ход к Зимнему дворцу с прошением к императору. Скромно и религиозно сформулированные призывы к политической свободе и правам трудящихся напрямую апеллировали к идеологии режима по формуле «Православие, Самодержавие, Народность»