Доктор Гааз изучил практику отправки на каторгу заключённых. Его, гуманиста и филантропа, возмутило такое отношение к осуждённым людям, и он обратился в Российский императорский тюремный комитет и к министру внутренних дел. Фёдор Петрович предложил заменить прут хотя бы цепью, чтобы люди могли более свободно себя чувствовать, и заявил о необходимости уменьшения веса кандалов. От тяжёлых, а кандалы весили 16 и 6 килограммов, заключённые сильно страдали, часто оковы стирали у людей кожу и мышцы до костей. Один из влиятельных российских вельмож пошутил, что металл при трении лишь согревает заключённых в движении, на что доктор Гааз порекомендовал ему самому несколько дней поносить кандалы и узнать, как они согревают…

Неоднократно Фёдор Петрович выступал в те годы за отмену кандалов. Но власти отказывались пойти на такие шаги. Тогда доктор Гааз сам неделю проносил ножные кандалы, а потом неделю ручные и в результате хотя и не пробил бюрократической стены, но всё же смог настоять, чтобы их вес значительно уменьшили. Кроме того, именно после его ходатайств и обращений кандалы начали изнутри отделывать кожей, чтобы они не наносили ущерба здоровью. Новые облегчённые кандалы каторжан вскоре были названы гаазовскими, и тысячи людей в России с благодарностью вспоминали доктора.

После открытия пересыльной тюрьмы на Воробьёвых горах главному тюремному врачу Москвы удалось создать там и тюремную больницу на 120 коек. Он лично обходил всех находящихся в ней пациентов, назначая им лекарства и процедуры. Доктор Гааз добился, чтобы и в мужском, и женском отделениях регулярно дежурили сиделки, чего до него не было в тюремных медицинских заведениях России.

Фёдор Петрович ежедневно работал по 10–12 часов и вынужден был переехать со временем на Воробьёвы горы, в здание больницы, где занимал две небольшие комнаты.

Он всё больше и больше уделял внимания помощи и благотворительности. Свой богатый дом в центре Москвы, усадьбу и фабрику, коллекцию картин доктор Гааз продал, использовав немало своих средств на поддержку каторжан и заключённых, а также на благотворительные цели по ремонту и строительству тюремных зданий.

Единственным, что он хранил из прежней своей жизни преуспевающего доктора, были копия картины Рафаэля «Мадонна», распятие, коллекция шкатулок и старый телескоп. Когда он возвращался поздно ночью в свою комнату, то, чтобы отвлечься и отдохнуть, мог часами наблюдать за звёздами с Воробьёвых гор.

Высокую сутулую фигуру в сюртуке с орденом на лацкане знала в те годы вся Москва. Одни горожане считали его чудаком, другие (и их было большинство) называли доктора святым и относились к нему с большим почтением.

Особым уважением он пользовался у заключённых и отправленных по этапу. От тюрьмы к тюрьме, от этапа к этапу передавались слухи и легенды о помощи и лечении замечательного доктора.

Однажды зимним вечером Фёдор Петрович спешил к очередному пациенту по одной из московских улиц. Зимой он носил внушительную тёплую шубу Неожиданно перед ним выросли фигуры грабителей, которые потребовали, чтобы он снял и отдал им дорогую шубу Доктор объяснил, что спешит к больному, но, когда освободится, он сможет отдать её, и назвал себя. Услышав имя доктора Гааза, бандиты бросились на колени, прося прощения, и проводили его до места, где жил больной пациент.

Одной из тюрем, которой врач уделял в то время много внимания, был Московский тюремный замок, позже названный Бутырской тюрьмой. Построенный в 70-е годы XVIII века, этот тюремный комплекс требовал ремонта. В нём отсутствовала канализация, зловонье и грязь поражали каждого, кто оказывался внутри и рядом с его стенами. В тюрьме был небольшой православный храм, который вмещал далеко не всех, и заключённые не всегда могли помолиться и исповедаться.