Прошли годы, его записки и обращения были показаны Александру I, и после завершения войны 1812 года император принял решение по проведению реформ тюремных заведений государства.

О Джоне Говарде и его благородной, филантропической деятельности знал и доктор Гааз. Он искренне поддерживал его гуманистические идеи и предложения о реформах в России. Вот почему, когда его пригласил на встречу московский генерал-губернатор Дмитрий Голицын и предложил стать секретарём московской Тюремной палаты, врач согласился не раздумывая. Духовными делами комитета дал согласие заниматься Митрополит Московский Филарет.

С этого периода начинается новый этап в жизни доктора Гааза – он становится главным тюремным врачом Москвы. Но с первых дней своей деятельности он следит не только за медицинскими условиями тюремных заведений, но и регулярно напоминает властям о необходимости следовать христианским заповедям, призывает к гуманизму и справедливости по отношению к тем, кто оказался на тюремных нарах или в кандалах.

В Москве в начале XIX века действовало пять тюрем, и город был одним из главных центров пересылки заключённых в Сибирь. Одна из них находилась в самом центре Москвы, на Волхонке, где позже был построен потом Музей изобразительных искусств им. А.С. Пушкина.

Условия содержания в российских тюрьмах в то время были одни из самых тяжёлых в Европе. Люди в тюремных камерах находились без разделения по тяжести преступлений, возрасту, женщины и мужчины – вместе. Тюремные помещения почти не отапливались, люди месяцами не мылись, кругом царила антисанитария, и у многих арестантов были вши и блохи. Тюрьмы были реальной угрозой распространения опасных заболеваний по городу и, к примеру, реально угрожали эпидемией холеры. Доктор Гааз принял срочное решение перенести пересыльную тюрьму на Волхонке из центра города в другое место.

…В 1817 году на Воробьёвых горах было начато строительство величественного храма Христа Спасителя в честь ознаменования победы над армией Наполеона в Отечественной войне 1812 года. Автором проекта на Воробьёвых горах был архитектор Александр Витберг.

По его замыслу храм должен был парить над Москвой в одной из самых высоких точек города. Воробьёвы горы царь называл «короной Москвы». Но во время работ участки берега Москва-реки стали разрушаться, и грунт в районе строительства храма стал сильно оседать. Кроме того, архитектора подвела его доверчивость: он поручил определённые работы артелям, которые воспользовались возможностями этого грандиозного строительства и занимались воровством. Сокрушительным ударом для проекта стала и смерть императора Александра I.

Пришедший ему на смену его брат Николай I остановил строительство храма и назначил расследование. Вскоре архитектора Витберга за материальный ущерб во время строительства отправили в ссылку. Строительство было прекращено, а на том месте, где сегодня возвышается здание МГУ, стояли бараки строителей храма. Побывав там, Фёдор Петрович решает обратиться к городским властям с предложением перевести туда тюрьму с Волхонки.

Для понимания, откуда появились сибирская каторга и ссылка, уместно напомнить, что за преступные деяния на Руси в XVI–XVII веках следовали жестокие телесные наказания, такие как истязание кнутом и отрубание рук, которые сопровождались выжиганием клейма на лице. С XVII века наказания стали дополняться ссылкой в Сибирь. При Екатерине II, когда идеи Просвещения пришли и в Россию, суровые телесные наказания стали применяться реже, но количество отправляемых на каторгу увеличилось.

В Москве формировались многие караваны осуждённых, которые затем отправлялись под охраной пешком в Сибирь. Такие процессии двигались по огромной стране от двух и до шести лет, причем срок в пути не учитывался при подсчёте отбываемого наказания и не шёл в зачет. Количество приговариваемых к каторжным работам росло, и, чтобы сократить число солдат-конвоиров, власти приняли решение: идущих в караванах людей закреплять к единому длинному металлическому пруту Так, скреплённые единым тяжёлым металлическим прутом с кандалами, люди шли по 10–30 человек в одной связке – разного возраста, пола и различной тяжести преступлений. С обеих сторон их сопровождали вооружённые конвоиры. В день такие караваны должны были проходить 15–20 километров. В дождь и стужу, в жару и снег шли они по стране к месту каторги, порой не выдерживая испытаний и умирая по пути в Сибирь.