Вернувшись в 1814 году в Москву, которая восстанавливалась после катастрофичного пожара и войны, доктор Гааз более десяти лет успешно трудился главным врачом Павловской больницы и занимался частной практикой. Его авторитет и известность из года в год росли, и в 1825 году правитель Москвы князь Дмитрий Голицын принял решение доверить доктору Гаазу главное аптекарское и медицинское управление города. Иными словами, его назначили главным врачом Первопрестольной. Медицинское управление находилось в то время в храме Успения Пресвятой Богородицы, одной из самых красивых древних московских церквей, которая чудом пережила нашествие Наполеона и пожар, уничтоживший почти весь город (в 1936 году эта церковь была разрушена).

В течение года, пока Фёдор Петрович Гааз был главным врачом Москвы, он сумел добиться ремонта аптекарских складов и настоял, чтобы во всех медицинских учреждениях проводилась тщательная уборка и ежедневно поддерживалась чистота. А чтобы аптекарские склады и больницы не страдали от нашествия мышей и крыс, главный городской доктор приказал завести сотни кошек в этих заведениях, включив их в медицинский штат, и назначить их кормление за казённый счёт.

Все эти нововведения и требовательность доктора Гааза далеко не всем понравились. Воры, лишившиеся возможности опустошать казну, завистники, которым не нравились правила немецкого доктора, разными путями жаловались верховной власти и клеветали на руководителя медицинской службы города. Подобная косность и интриги против него, человека дела и гуманиста, были сильными раздражителями, которые мешали его медицинской, врачебной деятельности. Все претензии и обвинения Гааз смог отстоять в судах и во всех разбирательствах остался победителем, но доктор принял для себя окончательное решение: руководящей работой больше не заниматься. Он вернулся к главному делу своей жизни – врачеванию, лечению и помощи больным.

Но не догадывался в тот период Фёдор Петрович, что пройдут годы и судьба сведёт его с судьбами тысяч людей, оказавшихся за тюремной решёткой, закованных в кандалы и отправленных в Сибирь по этапу…

Ещё император Александр I приступил к проведению тюремной реформы в стране. В 1818 году он одобрил устав тюремного общества, административный комитет которого возглавил министр народного просвещения и духовных дел, князь Александр Голицын. В Москве отделение этого общества открылось лишь через девять лет, в 1827 году, когда московским генерал-губернатором был Дмитрий Голицын.

Тюремной реформе в России предшествовали события, связанные с приездом в страну английского врача и юриста Джона Говарда. Он прославился реформой пенитенциарной системы в Великобритании. Первый раз этот прогрессивный филантроп и исследователь приехал в Российскую империю в 1781 году. Посетив Санкт-Петербург, Москву и Херсон, он был удручён крайне неудовлетворительными условиями в российских тюрьмах и лечебных заведениях. Через восемь лет, в 1789 году, Джон Говард приехал в Россию с целью изучения условий содержания солдат, системы их наказания за проступки и причин смертности. В Европе в те годы было много пересудов по поводу жестокого обращения с солдатами в российской армии.

Осенью 1789 года англичанин отправился в Херсон. Там вспыхнула эпидемия чумы, и он решил оказать посильную медицинскую помощь. Дж. Говард навещал больных, стремился облегчить их страдания, порой использовал личные средства для покупки лекарств. Он навещал заболевших как в больницах, так и тюрьмах. В Херсоне Джон Говард заразился чумой и 20 января 1791 года умер. Там же, под Херсоном, по его завещанию, он и был похоронен.