Еще одним камнем преткновения на заседаниях V отдела Предсоборного Присутствия стал вопрос о методологии научно-богословских исследований, причем и применительно к богословию в целом, как особой области науки, и при обсуждении внутрибогословской специализации. Могут ли разноситься по разным отделениям сравнительное богословие и история западных исповеданий, метафизика и история философии и др., исходя из принципа деления на систематические и исторические методы исследования[465]? На обсуждение методических проблем выводил и вопрос о названиях некоторых дисциплин. Наиболее ярким примером была патристика, имевшая на своем научно-учебном пути еще три названия: историческое учение об отцах Церкви, патрология и история древней христианской литературы. Какое из них точнее отражало суть предмета, как это должно было сказаться на принципах преподавания и методах исследований?

Отчасти примкнул к обсуждению проблем методологии и вопрос о небогословских науках в духовных академиях. Н. Н. Глубоковский сформулировал утверждение, новое в сравнении с традиционными рассуждениями о педагогической направленности этих дисциплин. Он настаивал на том, что полезны и даже необходимы богословские научные исследования в небогословских науках. Это обогатит и богословие, дав новые методы, и гуманитарные науки, высветив иной – богословский – подход, открыв новые перспективы в решении конкретных исследовательских проблем[466].

Наконец, серьезную дискуссию вызвало обсуждение выпускного сочинения. Все проекты 1905 г. подчеркивали его важность: и как венца высшего образования – возможности применить все полученные знания и умения, и как первой научной работы – возможности сделать вклад в отечественное богословие. Но для реализации этих возможностей следовало наилучшим образом организовать процесс написания выпускной диссертации. Как ни странно, критики было гораздо больше, чем положительных предложений. Совет КазДА предлагал увеличить срок написания выпускного сочинения до полутора лет, остальные Советы – максимально освободить для этого выпускной курс (наиболее радикально МДА – только спецкурс по предмету специализации). И готовить студентов к сознательному написанию этого сочинения всей предыдущей специализацией. В обоих проектах СПбДА специальные занятия последних двух курсов в широком смысле были ориентированы на подготовку к написанию выпускной работы.

Участники дискуссий согласились, в конце концов, сохранить и традиционную академическую форму работы – семестровые сочинения, но с условием сокращения их числа (до двух в год), более серьезных научных требований и ориентации на выпускную кандидатскую диссертацию. Предлагалось построить возрастающую систему самостоятельных работ: от простых сочинений на 1‑2‑м курсах, «одной или нескольких научных работ на избранные… темы по своей специальности» на 3‑м курсе, до серьезной выпускной диссертации на 4‑м курсе. Не прошли даром указы высшей церковной власти и многолетние размышления самих преподавателей о разумности предлагаемых студентам тем. Все проекты настаивали на серьезном обсуждении тем – не только кандидатских диссертаций, но и семестровых сочинений – всем Советом академии, а лучше и с привлечением всей преподавательской корпорации. При этом предлагалось проводить анализ результатов прошлых лет и, на основании этого, вносить в темы коррективы[467].

Следует отметить, что обсуждение проектов на Предсоборном Присутствии, при всей его активности и определенной результативности, привело и к некоторой растерянности. Не удалось прийти к общим принципам структуры учебного плана, определить соотношение общеобязательного ядра и специализации, времени начала и формы специализации. Общий вариант учебного плана попытались составить механически – путем голосования за каждый предмет – но стало ясно, что таким образом терялось главное: концептуальность каждого проекта. Новые идеи, высказанные в проектах – гибкость академического курса, постепенность в специализации и преемство ее этапов, специальные курсы и семинары, специфика постановки небогословских наук в высшей богословской школе – постепенно затерялись в обсуждении