Общей чертой проектов 1905 г. была научно-исследовательская доминанта как она понималась основной частью корпораций. Научная подготовка студентов неразрывно в них связывалась с правильно построенной специализацией как возможностью получить углубленные знания и освоить методы научной работы. С научной составляющей учебного процесса единодушно связывалось и расширение состава богословских кафедр, причем этот состав должен был определяться научным развитием богословия, а не только принципами базового богословского образования. Предусматривалось введение специализации по богословским предметам. Авторы проектов постарались учесть ошибки Устава 1869 г., наносящие ущерб научно-богословскому образованию: слабость общебогословской базы и отсутствие структурообразующих идей в составе отделений. В общеобязательный курс теперь включались основные богословские науки, а направленность отделений получала обоснование. Но в развитии этих общих идей было некоторое разнообразие.

Так, например, три из четырех академий (СПбДА, КДА и КазДА) вводили по три отделения (в Казанском проекте есть и четвертое, миссионерское). Совет СПбДА предлагал богословско-философское, церковно-историческое и церковно-словесное отделения, связывая их с тремя аспектами научного изучения христианства: 1) как идеи, логически развиваемой в систему; 2) как положительного факта, засвидетельствованного исторически; 3) как словесного творчества, зафиксированного в соответствующих памятниках[456]. Проект КДА предлагал те же отделения – богословско-философское, богословско-историческое и богословско-словесное, но при этом делал печальное заключение о невозможности предложить твердые принципы деления единого богословия. Проект КазДА предлагал церковно-историческую, церковно-практическую, философско-словесную и миссионерскую группы. При этом первые две были унаследованы от Устава 1869 г. и имели традиционное обоснование: изучение Церкви как процесса проявления и развития и как жизни «здесь и сейчас». В третью группу были собраны все небогословские предметы, составляющие философско-словесную опору богословия, а четвертая отражала особое предназначение КазДА[457].

Общеобязательный курс, который должен был закладывать фундамент для специальной подготовки и представлять систему научного богословия, разнился гораздо сильнее: от минимального в проекте СПбДА до самого обширного в проекте КазДА[458].

Решающее значение для научной подготовки студентов, по мнению Советов академий, имела специализация на старших курсах. Решение этой проблемы проекты также пытались проводить в общей установке Устава 1869 г., но с учетом ошибок. Наиболее разработан этот вопрос был в проекте СПбДА, в котором развивалась идея Устава 1869 г. о двухэтапной – отделенско-групповой – специализации, с акцентом на преемстве этих двух этапов и усилении второго. Все общеобязательные и отделенские науки, составляющие базу богословской специализации, должны быть пройдены на первых двух курсах, последние же два курса предлагалось посвятить изучению группы однородных наук. Группы второго этапа специализации могут быть составлены из общеобязательных и отделенских предметов в сочетании с другими, дополняющими специальное образование. Но принципиально должна была меняться сама форма занятий – и аудиторных, и самостоятельных. Если на первых двух курсах студенты должны были преимущественно слушать лекции и писать сочинения, то на последних двух курсах все лекционные курсы должны были сопровождаться практическими занятиями. При этом акцент делался именно на практических занятиях, хотя рекомендации давались старые, в общем виде: студенты под руководством преподавателя должны были изучать источники и лучшие образцы научных исследований, писать рефераты и доклады, проводить небольшие самостоятельные исследования