У Годунова была цель укрепить государство и показал себя умелым строителем. Он стал инициатором строительства неприступных крепостей в степях России, был построен Воронеж, чтобы обезопасить водный путь были построены города на Волге: Самара, Саратов, Царицын, началось строительство и в Сибири. Была построена грандиозная Смоленская крепостная стена, «каменное ожерелье Земли русской» для защиты западных рубежей от воинственных поляков. И около самой Москвы была построена внешняя стена, которая опоясывала белый город. В целом это был успешный период для России. И это оказалось весьма кстати.

Разгром шведов в Ливонской войне была оогромой заслугой царя Фёдора. Он возглавил поход против шведов. Иван Грозный, потерпев неудачу в Ливонской войне, потерял крепости Ивангород, Нарву, Ям (Кингисеп), Копорье. В начале 1590 года шведский король Юхан III посчитал, что Россия ослаблена и решил отобрать у неё себе ещё новые города. И начались провокации шведов, они нападали на пограничные русские гарнизоны. Царь Фёдор объявил о всеобщем созыве полков в Новгороде. Всего армия насчитывала 35 тысяч человек, общее командование осуществлял царь Фёдор. В конце января русские войска взяли Ям, шведский гарнизон из пятисот человек сдался без боя. Настоящие бои начались за Ивангород, шведы отступили, в середине февраля русские войска осадили Нарву и пошли на штурм, но шведы смогли отбить приступ, при этом русские понесли большие потери. Но сразу после неудачного штурма началась массированная бомбардировка крепостей, и уже на следующий день, 20 февраля, шведы запросили перемирия. И оно было заключено сроком на один год. Но в ноябре шведы нарушили перемирие, они пытались захватить Ивангород, но не смогли. Через месяц они с четырнадцатитысячным войском подошли к Копорью, бои шли три недели, но в результате шведов прогнали.

Основные военные силы в это время были направлены на устранение ещё одной беды. Летом 1591 года крымский хан Газы II Гирей, по прозвищу Буря, вместе с ногайским мурзой Казыем во главе 150-тысячной татарско-ногайской армии вторгся в южнорусские владения. Цель была одна: уничтожить Москву, поэтому хан запретил воинам грабить в пути, чтобы не распылять силы и не останавливаться. Утром 4 июля орда подступила к Москве и расположилась в деревне Котлы. Во главе большой русской рати были воевода боярин Фёдор Мстиславский и конюший боярин Борис Годунов. Силы были не равны. Тогда был придуман план: татары должны были захватить «якобы русского лазутчика», который рассказал бы им, что к Москве прибыла большая рать из Новгорода. Так это и случилось, и в то время, когда татары узнали об этом, русские открыли сильный артеллерийский огонь по ханскому лагерю. Утром лагерь крымского хана был пуст, Газы Гирей поверил ложному сообщению и поспешно отступил от Москвы. Конные отряды гнали их до Тулы и взяли в плен много крымцев. Сам хан Газы Гирей был ранен, но привел треть своей армии в Крым. Это была победа, которая укрепила положение Годунова.

Шведы узнав, что наши основные войска на юге, дошли до Белого моря, захватили Печенегский монастырь, разорили земли около Соловецкого монастыря, но сам монастырь им взять не удалось. Русские войска опять прогнали шведов, перешли их границу и разорили несколько их волостей. А в январе 1592 года решили взять реванш, подошли к Выборгу, затем к Кореле и Орешку и через год в Ивангороде, благодаря стараниям Годунова. было заключено перемирие на два года. Война закончилась подписанием Тявзинского мира, Ям, Ивангород, Копорье, Орешек, Ладога были возвращены России. Это была огромная победа.