Напрашивается вопрос: так зачем царю нужно было вести эту «внутреннюю» войну с помощью «внутренней» армии опричников? Маниакальная психическая болезнь?

Да, с психикой у него было не в порядке, но не до такой же степени и не во время одновременно ведущихся нескольких внешних войн! Устранение бояр как возможных претендентов на власть? Но другой властной структуры в то время просто не было, дворянство только начало свой поход за властью. Устранение от власти удельных князей (то есть тех, кто пришёл в Московское государство со своими «уделами» – княжествами, землёй и населением)? Вполне возможно, но их было не так уж много, чтобы вести с ними войну в течение двадцати лет. Опять не сходится. Всё-таки наиболее вероятная причина создания опричнины – это наведение порядка в стране, как его понимал сам Иоанн. Опричнина играла роль плётки, которой царь хлестал правящую элиту страны, заставляя её выполнять свои самодержавные замыслы. Другого пути он не нашёл. Боярская элита создавалась поколениями властителей до Ивана Грозного, она видела, как цари приходят и как уходят, знала вклады своих родов в этот процесс и, в глубине своего самосознания, считала себя, по крайней мере, не менее достойной, чем сам царь. В своих удельных вотчинах бояре делали всё, что хотели и как хотели: жили по своим законам, не соответствующим государственным, за хозяйственную деятельность никак не отчитывались, налоги не доплачивали, а то и вообще не платили, свою службу в государстве несли, когда хотели, и выставляли ратников для государства также с обманом. Правящая верхушка в Новгороде и Пскове бесконтрольно наживалась, горожанам и государству мало что оставалось от достаточно больших сумм, получаемых от торговой деятельности и таможенной службы. Кроме этого, пользуясь своим пограничным положением, Новгород и Псков могли шантажировать Москву возможностью перехода под юрисдикцию Литвы. Иоанну пришлось бороться с беззаконием незаконными методами. Положительный эффект достигался введением в состояние страха всех: виновных и невиновных. В свою очередь беззаконие развращало исполнителей и порождало новое беззаконие. Именно это не могло привести к успеху все задуманные Иоанном грандиозные и исторически нужные мероприятия.

Непростые отношения сложились у Иоанна Грозного и с церковной элитой. Противоречия Иоанна с церковью начались намного раньше: со Стоглавого собора 1551 года. Тогда, подняв уровень дворянства на законодательном уровне в новоизданном Судебнике, надо было укрепить его и экономически, то есть дать землю. Землю взяли у монастырей.

К этому времени свободной земли не было, она была поделена на три части: черносошная (государственная), вотчинская (боярская и «детей боярских», то есть мелковотчинская, поделённая между детьми бояр, почивших в бозе) и монастырская. Монастырская земля занимала почти треть центральной части страны. Было принято решение обеспечить дворян землёй за счёт монастырей. Один из вопросов, заданных Иоанном на соборе, именно так и был сформулирован: <<Достойно ли монастырям приобретать землю?», и в мае 1551 года был издан указ о конфискации всех земель и угодий, переданных Боярской думой епископам и монастырям после смерти Василия III. Но на тот момент церкви всё-таки удалось отстоять основную часть своих земель.

Во время опричнины и Ливонской войны царю понадобилось много денег и он опять обратился к церковным землям. Назрел конфликт, церковь начала требовать от царя отмены опричнины. Из-за несогласия царя митрополит Афанасий в 1566 году демонстративно сложил с себя сан и удалился в Чудов монастырь. На его место был назначен митрополит Филипп (Колычев), который также всё время уговаривал царя отказаться от опричнины и поддерживал боярскую оппозицию. К 1568 году это противостояние перешло в открытое столкновение между царём и митрополитом. Дело кончилось судом над Филиппом, приговор был исполнен прямо в храме после службы, с митрополита сорвали клобук и мантию и он был отправлен на вечное заточение в тюрьму Богоявленского монастыря.