Текущей документацией занималась консисторская канцелярия, руководимая секретарем, который координировал работу нескольких канцелярских отделов – «столов», возглавлявшихся столоначальниками. Прочий штат канцелярии составляли казначей, регистратор и служащие. Все чиновники консистории являлись светскими лицами в отличие от должностных лиц архиерейского дома.

Секретарь играл в работе консистории ключевую роль. Он назначался Синодом по предложению обер-прокурора, в отличие от прочих канцелярских служителей. Статья 285 устава духовных консисторий гласила: «Секретарь консистории, находясь под ближайшим начальством Епархиального Архиерея, состоит вместе с тем в непосредственном ведении обер-прокурора Синода, как блюстителя за исполнением законных постановлений по духовному ведомству, и обязан исполнять все его предписания»[96]. Таким образом, положение секретаря в системе консисторского управления было двойственным. С одной стороны, он подчинялся епископу, а с другой, должен был следить за исполнением закона в деятельности консистории, отношениях ее с архиереем. Он назначался и увольнялся обер-прокурором Синода и был с ним напрямую связан. Ни одна бумага, поступающая в консисторию, не могла иметь хода без ведома секретаря, который «не имея звания члена присутствия, не входя в его состав… в сущности есть руководитель и контролер присутствия»[97]. В делах консистории секретарь был вполне самостоятелен: «он может протестовать и против единогласных постановлений присутствия, если находит, что они противоречат законам; в таком случае он прямо ставит членам присутствия на вид свои представления против их единогласного решения, и если они не будут уважены членами, отмечает о том в журналах и подает архиерею рапорт, и излагает эти представления»[98]. Таким образом, секретарь подчиняется епископу только формально. Фактически он настолько независим от епископа, что одновременно с ним представляет обер-прокурору срочные сведения о деятельности духовной консистории. Кроме того, он представляет и свои секретные донесения[99]. Такая ситуация в консисторском управлении породила волну критики сторонников реформ[100]. Один из авторов прямо писал, что «секретарь посылается для контроля и надзора за архиереем. Он не только его помощник, но и судья его действий. Епископу, конечно, невыгодно с ним ссориться и смотреть как на подчиненного. Архиерею приходится предоставить секретаря «воле его», и секретарь использует свое положение как умеет. Положение секретаря несомненно допускает, даже почти обязательно создает в нем «временщика»[101]. Столь же непонятными с точки зрения реформаторов были и взаимоотношения епископа и членов консистории. «Место епископа в консистории более чем странно, – рассуждает тот же автор, – Консистория – собор при епископе. Но тогда почему не допускается председательство его в консистории? Очевидно, консистория – не совет, а самостоятельное учреждение. Но вполне ли? Сказать трудно»[102]. Если обратиться к уставу духовных консисторий, то исчезнут последние сомнения относительно несамостоятельности, консистории: «В случае, когда даже при единогласном решении (членов присутствия – А.М.) Епархиальный Архиерей усмотрит, что дело изложено недостаточно, или, что при исследовании упущены такие обстоятельства, которые могли бы ближе объяснить предметы, подлежащие рассмотрению, или что решение не согласно с законами, он предлагает консистории пересмотреть дело или дополнить его нужными обстоятельствами, и затем постановить решение»[103]. Правда, оговаривалось, что «члены консистории при рассмотрении указанных обстоятельств могут остаться при прежнем мнении». В этом случае епископ «полагает собственное решение, которое и приводится в исполнение»