Западный историк Русской православной церкви Дмитрий Поспеловский писал: «После целого века интеллектуальных и религиозных шатаний, задуманная Прокоповичем и Петром I синодальная система окончательно оформилась в эпоху Николая I как деспотическая диктатура гражданского чиновника обер-прокурора над Синодом и духовенством вообще. Оба обер-прокурора этой эпохи, масон С. Нечаев и генерал С. Протасов, откровенно презирали епископат. Своё назначение обер-прокурором Протасов выразил следующими словами в письме приятелю: «Теперь я главнокомандующий церкви, я патриарх, я чёрт знает что…» Это он определил церковь как «ведомство православного исповедания»[79]. Император являлся верховным главой церкви, верховным арбитром в церковных делах. Как гласили Основные Законы, «император, яко христианский Государь, есть верховный защитник и хранитель догматов господствующей веры, и блюститель правоверия и всякого в Церкви святой благочиния»[80]. Ему подчинялись обер-прокурор и члены Св. Синода, который, «как духовное Соборное Правительство, имеет власть всякие духовные дела во всероссийской церкви управлять…»[81]

Синод имел тот же круг полномочий в духовных делах, что и Сенат – в светских[82]. Обер-прокурор фактически выступал в роли государственного министра. Он имел собственную канцелярию, помогавшую ему в разборе текущей документации, подготавливавшую проекты распоряжений и указов для обсуждения синодальным собранием иерархов. Присутствующие в Синоде епископы не освобождались от управления вверенных им епархий[83].

Епархиальная система управления, получившая название консисторской, по своей структуре повторяла центральную. Во главе епархии находился епископ, а консистория играла роль епархиального правительства. Система епархиальной власти состояла из следующих основных звеньев: института епископальной власти (архиерей, викарий, архиерейский дом); духовной консистории (секретарь и канцелярия, духовное присутствие); приходской организации (институт благочинных, съезды приходского духовенства, местные причты). Первые два звена образовывали епархиальное правление, или, как именовалось в документах, «епархиальное начальство». В историографии утвердилось мнение, что такая «структура церковного управления вела к строгому отделению административно-хозяйственных функций от функции «хранителя веры», то есть идеологической. Это обстоятельство порой служило основанием для разногласий лиц, представлявших эти два направления»[84]. Эти разногласия проявлялись как на центральном, так и на епархиальном уровнях системы церковного управления. В последнем случае они были менее заметны ввиду того, что власть в епархии была сосредоточена в руках духовных лиц – архиереев и членов духовной консистории. На откуп духовенству была отдана и административно-хозяйственная функция.

Епископ, полновластный глава епархии, назначался на ту или иную кафедру и смещался с нее указом Св. Синода. «Епархиальные преосвященные и викарии избираются Св. Синодом и из представленных последним трех кандидатов назначаются Высочайшею властью»[85]. Таким образом, решающее слово в выборе епископа оставалось за монархом. У архиерея имелся собственный штат, выполнявший канцелярские и административно-хозяйственные дела. Он состоял из канцелярии и ряда должностных лиц – эконома, казначея, занимавшихся вопросами финансового содержания епископа и его штата, несколько послушников и монашествующих[86]. Канцелярия епископа возглавлялась секретарём. Так в 1905 г. секретарём канцелярии епископа Самарского и Ставропольского был Н. Тихомиров