Вскоре в Москве были подписаны «Статьи Богдана Хмельницкого», которые фиксировали права и привилегии Войска Запорожского, казачьей старшины, украинской шляхты, крупных городов – значительно более широкие по сравнению с теми, которыми они пользовались в Речи Посполитой. Украина должна была управляться гетманом, на местах сохранялись полковые военно-административные органы, а реестр был определен в 60 000 человек. Но верховной властью на Украине отныне считался московский царь.
В мае 1654 г. главные силы русских под командованием царя Алексея Михайловича вступили на территорию ВКЛ и вскоре к ним присоединился казачий отряд в 20 000 под командованием наказного гетмана И.Н.Золотаренко. В июне были взяты Дорогобуж, Невель, Белый, Полоцк, в июле – Рославль, Мстиславль, Друя, в августе – Орша, Гомель, Могилев, Новый Быхов. 12 (22) августа под Борисовым московские полки воеводы князя А.Н.Трубецкого разбили войско гетмана Я. Радзивилла. 23 сентября (3 октября) после двух с половиной месяцев осады царю сдался Смоленск. В ноябре московские войска захватили Витебск.
В декабре 1654 г. войско ВКЛ под командованием гетмана Я. Радзивилла предприняло контрнаступление: была отбита Орша и осажден Могилев. Объединенное польско-татарское войско вторглось в Украину и в январе 1655 г. после ожесточенного сражения под Ахматовым заставило московские полки воеводы В.Б.Шереметева и казаков Хмельницкого отступить к Белой Церкви.
В марте казаки заняли Бобруйск, в начале мая войско ВКЛ, потерпев неудачу под Могилевом, ушло за р. Березина, а в первой половине лета московские войска взяли Велиж и Минск. В июле войска воеводы В.В.Бутурлина вместе с казаками Хмельницкого вторглись в Галицию, разгромили войска коронного гетмана С. Потоцкого у Гродка и дошли до Львова, взяв с него крупную контрибуцию; власть московского царя признал и Люблин.
29 июля (8 августа) московские войска под командованием князя Я.К.Черкасского при помощи казаков И. Н. Золотаренко разбили войска ВКЛ под командованием гетманов Я. Радзивилла и В. К. Гонсевского под Вильней и 31 июля (10 августа) вступил в столицу ВКЛ. В августе были взяты Ковно и Гродно. В сентябре полки Д. Волконского захватили Туров и Пинск, а казацкие отряды вышли к р. Неман. 23 октября (2 ноября) полки С.А.Урусова разбили польское войско у Белых Песков, а ноябре под Верховичами – войско ВКЛ под командованием П. Сапеги. В итоге московские войска оккупировали большую часть ВКЛ и Правобережной Украины. Занятые царскими войсками земли сразу же были превращены в провинции Московского царства. Жители оккупированных земель насильственно переводились из униатства в православие, а поскольку царь планировал вывезти с территории нынешней Беларуси 300 000 пленных, то началась охота на людей. Особо разыскивались искусные ремесленники, кузнецы, золотых дел мастера, замочники, ювелиры и проч. Все это привело к народному сопротивлению, оформившемуся в мощное партизанское движение. Уже в 1655 г. на оккупированных землях ВКЛ стали создаваться крестьянские формирования самообороны. Практически на всей территории нынешней Беларуси крестьяне, прячась в лесах, устраивали засады на дорогах, нападали на небольшие московские отряды. На борьбу с партизанами царь выслал специальное войско. Пойманных избивали и вешали, отрезали им носы и уши и отпускали ходить по деревням, пугать людей. В 1658 г. в леса массово пошла беларуская шляхта, ранее присягнувшая русскому царю, также возобновились и боевые действия регулярных войск Речи Посполитой в результате чего народно-освободительное движение достигло своего пика.