Медицинское образование в России того времени оставляло желать лучшего, и Петр Васильевич решил заняться его серьезным реформированием. Он изучил систему медицинского образования за рубежом. «Теперь в Вене похваляется новозаведенное хирургическое училище, во Франции сия наука процветает; английские же госпитали общее мнение почитает первыми на свете», – писал Завадовский. Он предложил Екатерине II отправить лучших учеников для получения образования за границу, а также преобразовать Медико-хирургическую школу в Хирургическую академию. Совместно с А.М. Вейкартом и И.З. Кельхерном Завадовский написал ее устав; когда же «необходимое строение и у нас поспеет, то можно взять из духовных семинарий и малороссийских школ 150 студентов в ученики на казенное содержание, как в Главном народном училище, и обучать всему, что предписано». Далее в этом же докладе императрице Завадовский доказывал, что «хотя считается за сущую пагубу незнающий лекарь, но сие зло у нас по настоящей бедности медицинского факультета не токмо терпимо, но и распространяется, понеже не лекари мест, а места лекарей ищут». Императрица Екатерина II одобрила план Завадовского, выделила ему на решение указанных задач го тысяч рублей, а также обязала специально готовить лекарей для нужд армии и флота.

Как следует из писем Завадовского к Безбородко, главная проблема, с которой он столкнулся, заключалась в полном отсутствии дисциплины, «пренебрежении о должностях»: иные профессора «по несколько месяцев не бывали в школах и оставляли праздными свои классы». Как выяснилось, одной из причин подобного поведения стало то, что профессорам нерегулярно платили жалованье. Завадовский поправил положение, и это отчасти решило проблему.

В 1786 году императрица Екатерина утвердила разработанный под руководством Завадовского «Устав народных училищ», на основании которого были также составлены «Правила для учащихся народных училищ» и «Руководство учителям первого и второго разряда народных училищ Российской империи». Особенностью этой реформы было то, что создавалась единая система светской школы: малое народное училище, главное училище, университет – с единой методикой преподавания и учебными планами. За последующие три года главные народные училища были открыты в 25 губернских городах. Обучение в них было бесплатным.

Петр Васильевич Завадовский стоял и у истоков формирования банковской системы в России. В 1781 году, занимая пост директора Санкт-Петербургского дворянского банка, он возглавил комиссию по проверке его деятельности. В процессе работы возник проект обновления этого кредитного учреждения, результатом чего стало создание Государственного заемного банка. В 1786 году Завадовский был назначен его управляющим, а в 1794-м – главным директором.

Заемный банк был создан на основе упраздненных в 1786 году дворянских банков для реализации дарованных жалованными грамотами привилегий дворянству и купечеству. Манифест от 28 июня 1786 года, объявлявший о создании Заемного банка, определил в качестве его главной цели долгосрочное кредитование дворянства и купечества. Кредиты выдавались банком под низкий процент, что должно было избавить заемщиков от произвола ростовщиков. Еще в процессе создания Заемного банка главный директор Ассигнационного банка А.П. Шувалов подсчитал, что Заемный банк принесет казне 19 млн рублей чистого дохода. Однако эти расчеты не оправдались, поскольку основывались на предположении, что весь оборотный капитал банка будет сразу выдан в ссуды, а погашение долгов и выплата процентов по ним будут производиться без промедления. Заемному банку предполагалось предоставить 22 млн рублей для выдачи ссуд дворянам и и млн рублей для кредитования городов. Однако хронический дефицит бюджета не позволил осуществить намеченные ассигнования.