Участие частных лиц при основании коллегий заменяло недостаток в Восточной Европе «монаршей инициативы» в деле развития высшего образования, но одновременно оно означало, что возникающие училища не имели официальной санкции государства на подготовку образованной элиты. Следует признать, что такой санкции у них зачастую не было и от католической Церкви, поскольку решение об открытии очередной школы принимал генерал Ордена, а не местный епископ, и если последние первоначально поддерживали иезуитов, то довольно скоро между ними возникли отношения соперничества, а затем прямой вражды.

Из всех вышеперечисленных учебных заведений иезуитов необходимую санкцию получила только Виленская академия, что выражалось в цитированных выше привилегиях и от польского короля, и от папы римского, которые наделили ее правом на возведение в ученые степени и, тем самым, гарантировали их обладателями допуск к высоким должностям на государственной, городской или церковной службе, учитывая общественный престиж степени доктора в Восточной Европе (здесь в XVI–XVII в. еще не наступило перепроизводство ученых степеней) и объективную потребность в образованном католическом духовенстве.

Именно поэтому иезуиты в Восточной, как и в Центральной, Европе всегда стремились к преобразованию коллегий в академии, т. е. университеты, и боролись за такое расширение своих прав, правда, не всегда успешно. Это ясно усматривается уже из переписки иезуитов, которая предшествовала основанию коллегии в Вильне: там указывалось, что «здесь нигде нет университетов или известных школ, нет докторов и магистров, которые могли бы обучать наукам», а иезуиты могли бы их готовить, и поэтому им «необходим университет, а не просто школа».[241] Тем самым, для проведения своей миссии иезуитам было более важно даже не развитие общего образования в народе в католическом духе, а именно подготовка учителей и вообще контроль за воспитанием общественной элиты.

Характерной оказалась реакция на учреждение Виленской академии среди литовских магнатов-кальвинистов, не желавших укрепления позиций католичества: канцлер Николай Радзивилл Рыжий и вице-канцлер Евстахий Волович наотрез отказались скрепить королевскую привилегию печатью Великого княжества Литовского, без которой она не могла действовать на его территории. Именно поэтому львовская привилегия Батория 1578 г. не вступила в силу и потребовала повторного издания через год. Вторая привилегия была обнародована в присутствии всей литовской знати, но и здесь Николай Радзивилл уклонился от своих обязанностей, а Волович лишь под прямой угрозой короля отнять у него должность вице-канцлера согласился приложить печать.[242]

Впрочем, идя навстречу протестантам, Стефан Баторий разрешил и им учиться в академии (иезуиты этому не противились, справедливо полагая, что, тем самым, смогут еще больше людей обратить в католичество). Разрешение было дано в 1581 г., когда король опять находился в Вильне, собирая войска для очередного похода против Ивана Грозного. Тогда же, 18 мая 1581 г. им была издана еще одна привилегия на открытие академии, на этот раз в столице родного княжества Батория – в г. Коложвар (нем. Klausenburg, рум. Клуж) в Трансильвании. Иезуитское училище существовало здесь с 1579 г., теперь же оно приобретало статус первого венгерского университета, открывавшегося после Реформации. Его сфера действия была рассчитана не только на жителей княжества, но и на соседнее Венгерское королевство.

Академия в Коложваре сразу же получила организацию в духе еще неизданного тогда Ratio Studiorum, с философскими и богословскими классами, заменявшими факультеты. В привилегии предусматривался, впрочем, и юридический факультет. Доступ в низшие гимназические классы при академии был открыт для всех, в том числе и молодежи не католических исповеданий, вследствие чего больше половины учеников гимназии были протестантами. Первым ректором Коложварской академии в течение нескольких месяцев был иезуит Антонио Поссевино, отправившийся отсюда в свое знаменитое путешествие ко двору Ивана Грозного. Но после смерти Батория сейм Трансильвании в 1588 г. постановил изгнать иезуитов из княжества: депутаты от протестантского городского большинства опасались, что деятельность академии способна разрушить конфессиональное равновесие в крае. Правда, академия на некоторое время возобновила свою деятельность при Сигизмунде Батории в 1595 г., но в 1605 г. была вторична закрыта, на этот раз окончательно, так что даже само ее здание и значительная часть библиотеки подверглись разрушению со стороны протестантов.