Однако разрешение на преподавание и возведение в степени медицины и обоих прав (канонического и гражданского) академия получила только в 1641 г., по грамоте короля Владислава IV. Тогда, благодаря средствам, особо пожертвованным литовским вице-канцлером Львом Сапегой, был открыт юридический факультет, впрочем не сумевший добиться популярности и существовавший почти без профессоров. Медицинский же факультет впервые появился в Вильне лишь в последней четверти XVIII в.

На рубеже XVI–XVII вв. иезуитские академии в Вильне и Браунсберге превратились в активно посещаемые училища, которые готовили католических священников и вообще образованную элиту не только для Речи Посполитой, но и для других областей Восточной Европы, например Трансильвании. Наряду с академией в Ольмюце (Моравия), именно здесь обучались посланцы иезуитов, распространявшие влияние Ордена и католическую экспансию дальше на восток, «среди татар, русских и всякого рода сектантов».[236] Это ярко отразилось в большом числе коллегий, основанных иезуитами на западнорусских землях в составе Речи Посполитой. Первая из иезуитских школ здесь была открыта в недавно завоеванном Полоцке в 1581 г. На ее содержание Баторий передал все местные православные монастыри и церкви с имениями. За ней последовала школа в Несвиже (1584) – одном из главных центров Реформации в Великом княжестве Литовском XVI в., который теперь, благодаря возвращению в католичество одной из ветвей семьи Радзивиллов, превратился в штаб-квартиру иезуитов. Коллегии в Полоцке и Несвиже в первые годы ограничивались обучением на начальных классах и перешли к преподаванию предметов философского цикла (до риторики) лишь с 1605 г.[237]

В XVII – начале XVIII в. на территории Великого княжества Литовского открылось около двух десятков иезуитских коллегий в Орше, Бресте, Пинске, Крожах, Гродно, Ковно, Витебске, Смоленске, Новогрудке, Минске, Бобруйске, Слуцке, Жодишках и еще ряде небольших городов и местечек. Продвигаясь на юг королевских земель, в Галицию, иезуиты в числе первых основали коллегию во Львове (1608), а оттуда распространили свои училища по Подолии и Волыни (Луцк, Перемышль, Каменец-Подольский, Винница, Фастов, Новгород-Северск и др.), вплоть до Киева (1646).

Изучение организации иезуитских коллегий в восточной части Речи Посполитой позволяет даже более четко, чем на примере немецких земель, понять, почему эти училища необходимо выделить в особый тип учебного заведения и в чем его отличие от университетов.[238] С одной стороны, некоторые из коллегий, например, из числа открытых в Великом княжестве Литовском, можно считать высшими учебными заведениями: так, в Полоцке, Несвиже, Орше и Пинске на протяжении ряда лет существовали философские и богословские классы, позволяющие отождествить их с философскими и богословскими факультетами университетов (впрочем, это продолжалось недолго, а перерывы в деятельности коллегий были связаны с восстанием Б. Хмельницкого и затяжной русско-польской войной 1654–1667 гг.).[239]

С другой стороны, главной особенностью коллегий, не позволяющей считать их университетами, являлась независимость как от государства, так, парадоксальным образом, и от Церкви, а ведь, как подробно обсуждалось выше, у истоков средневековых университетов всегда стояло согласие этих двух начал – светской и духовной власти. Основание же новых школ в Восточной Европе фактически представляло собой частное дело Ордена Иисуса, проводимое за счет уже накопленных им средств, а также пожертвований, поступающих от местной шляхты. За исключением Полоцкой коллегии, созданной с участием короля Стефана Батория, все остальные содержались из поступлений от т. н. фундаций (фундушей), т. е. доходов от имений и местечек, пожалованных крупнейшими местными магнатами из фамилий Сапег, Гонсевских, Радзивиллов, Ходкевичей, Огинских и др.