Царь Алексей Михайлович, ввиду того, что шведской стороной нарушено «мирное докончание», был расположен к войне со Швецией, более того, патриарх Никон был тоже за эту войну из вражды к протестантству. И она была объявлена.

Война началась удачно. Русские взяли Борисоглебск (Динабург) и Царевичев – Дмитриев (Кокенгаузен), но потерпели поражение под Ригой и удалились из Ливонии. В это время начались переговоры с Польшей. Вселенская комиссия в октябре подписала договор, по которому поляки обещали добровольно избрать на польский престол Алексея Михайловича, а он обещал возвратить земли, отлученные от Речи Посполитой, кроме земель принадлежащих России. Государство лишало себя того, что было в руках. Договор произвёл разлад между Малороссией и Москвой. Хмельницкий, как сообщают нам историки, был поражен и раздражен унизительным договором и от огорчения умер. Его преемник Выговский заключил с Польшей договор в ущерб Москве. И польские войска начали неприязненные отношения против русских. В литовских областях война началась неудачно для поляков. Князь Юрий Долгорукий пленил литовского гетмана Гонсевского, Виговскому с помощью крымского хана удалось разбить русские войска, но народ Малороссии не разделял его планов и вместо Выговского избрал гетманом Юрия Хмельницкого на условиях повиновения Московскому царю.

В Литве московские войска потерпели неудачу. Ранее отошедшие от Литвы города возвращались обратно. Нелепая война со Швецией приостановилась. Внутри государства российского чувствовались разброд и шатания. Война требовала больших жертв, повышенных налогов. В то время (1660 г.) на военные нужды собирали серебро, серебряные деньги, а взамен их впервые выпустили в обращение медные.

Царь Алексей, начав войну с Польшей за Малороссию в 1654 году, быстро завоевал всю Белоруссию и значительную часть Литвы. В то время как Москва забирала восточные области, шведский король Карл X быстро завоевал всю Великую и малую Польшу и провозгласил себя польским королем. Алексей вспомнил старую идею Ивана о балтийском побережье, о Ливонии. Опять встал на очередь забытый вопрос о распространении территории Московского государства до естественного его рубежа, до балтийского берега.

Уже умиравший Богдан Хмельницкий, испуганный сближением Москвы с Польшей, вошел в соглашение со Шведским королем Карлом X, трансильванским князем Рогоци, и втроем они составили план разделения Польши. Богдан пребывал слугой и соперником всех соседних владетелей, в том числе, и царя Московского. Эти предсмертные козни заставили царя Алексея закончить шведскую войну. Малороссия втянула царя в столкновение с Турцией. После смерти Богдана его преемник Выговский предался крамоле и с татарами уничтожил лучшие войска царя Алексея.

Поляки, освободившись от шведов с помощью Москвы, не хотели уступать ей ничего. Началась с Польшей вторая война, где Россия потерпела поражение. Украина разделилась по Днепру на две части, левую – Московскую, и правую – Польскую. Король захватил обе части. Москва и Польша готовы были выжать друг у друга последние капли крови, но их выручил гетман Дорошенко, отдавшись с правобережной Украиной султану. Москва удержала за собой Смоленскую, Северскую области и левую половину Украины с Киевом. Это позволило России изменить свою политику. Теперь Польша перестала быть опасной. Вековая борьба приостановилась надолго. Малороссийский вопрос заслонил другие заботы. Они были направлены на Швецию и Турцию, а для этого нужен был союз с Польшей.

В Константинополе московским послам сказали, что недавно приходили сюда послы от астраханских, казанских татар и от башкир, которые просили султана принять в своё подданство царства казанское и астраханское, жалуясь, что московские люди ненавидят их басурманскую веру, бьют и разоряют.