12 июня 1645 года скончался царь Михаил Федорович. Преемником его стал сын, Алексей Михайлович, который царствовал 30 лет. Царь Алексей, в отличие от предыдущих царей, соединил свои державные интересы с интересами служилых людей. Он дал много власти своим чиновникам – высшему сословию над народом. Поэтому они верно служили государю. Кроме этого царская власть находила опору в стрельцах, военном привилегированном сословии. Сам царь считал себя самодержавным, ни от кого не зависимым, но был всегда под влиянием то тех, то других. Царствование его представляет в истории печальный пример. Чтобы не платить повинности, тягловые люди любыми путями освобождались от этого сословия, оставаясь на том же месте. Вотчинные и помещичьи крестьяне повсюду оставляли свои земли и бегали с места на место. Богатые землевладельцы переманивали крестьян, а небогатые помещики разорялись. Чтобы прекратить это решили сделать новую перепись, закрепляющую крестьян у землевладельцев, что также вызывало возмущение.

Царь обещал народу ввести правосудие, и в 1648 году на соборе было утверждено Уложение из 25 глав в виде уголовных законов. С этих пор узаконивается страшное государево «дело и слово». Доносы, в том числе и злоумышленные, были в большом ходу. Частное землевладение стало достоянием служивого класса. Вотчины могли покупать только служивые высших разрядов люди и с позволения царя. За бесчестия наказывали кнутом и тюрьмой. Холопы по-прежнему были под произволом господ. Суд перешел в руки приказов. Дела и иски, возникшие между духовными и мирскими людьми, разрешались в приказах большого дворца и монастырских. В последующие за мятежами годы появился новый приказ – приказ тайных дел, начало тайной полиции. По всему государству у царя были шпионы из дворян и подьячих, они подслушивали и доносили. Повсеместно раздавались жалобы, что воеводы бьют посадских людей без сыску и вины, сажают в тюрьмы, мучают, придираются под разными предлогами. Земские старосты и целовальники вместо защиты населения от горлопанов мужиков сами занимались этим делом.

Несмотря на то, что важнейшим доходом казны была продажа горячительных напитков, в целях борьбы с пьянством, кабаки были закрыты, и вместо них открыты кружечные. Вместе с тем, боярам и другим дозволялось свободное винокурение, кроме казенного.

Во второй половине 1653 года предвиделась неизбежность войны с Польшей. Царь Алексей Михайлович стал готовиться к ней. Формировал армию. В отличие от прошлого, появились конные отделы войск. Заведены и усилены за счет дополнительного набора солдатские полки в ряде городов, определены им выплаты. Эти формирования стали зародышем регулярных войск.

Начавшаяся в 1654 году война с Польшей шла успешно. Царь находился в войсках. Осенью этого года распространилась по Московскому государству зараза (чума), которая уничтожила большую часть жителей многих городов. О масштабах её можно судить по некоторым документам историков. В Чудовом монастыре из 182 монахов остались 38, в боярских домах у Морозова умерли 342 человека, остались лишь 19. У князя Трубецкого умерли 270 человек, остались 8. В Калуге умерли 1836 человек, остались 777. В Туле умерли 1808 человек, остались 760 и т. д. После смерти от чумы все вещи людей сжигали.

Несмотря на это, война проходила успешно и в последующие годы. Вся Литва покорилась царю, и Алексей Михайлович был титулован великим князем Литовским. Шведский король Карл-Густав завоевал коронные польские земли. Вековая распря Руси с Польшей тогда разрешилась. Между русским царем и королем Швеции возникали недоразумения потому, что шведы решили поддержать самозванного на русский престол Тимошку Анкудинова из Вологды, который назвался Иваном, сыном царя Шуйского. Он искал поддержки у турок, в Италии, у Хмельницкого, потом оставил Малороссию и очутился в Стокгольме. В конце концов, шведы его выдали Москве и там его четвертовали. Другое недоразумение со Швецией возникло тогда, когда Алексей Михайлович был провозглашен великим князем Литовским. Гетман Литвы Родзивиля отдался шведскому королю с землями, занятыми Россией.